FluxExplorer: 一个通用的基于化学计量矩阵的代谢网络建模和分析平台

近年来基于化学计量矩阵的生物代谢网络分析在系统生物学研究领域备受关注．为该领域的研究者开发更加方便和友好的硅上模拟平台已成为一项重要工作．这种平台应提供图形化的操作方式，整合强大的分析模块，帮助生物学研究者更深入地理解代谢系统的特性和行为．基于这种需求，我们开发了一个免费共享的计算机模拟平台FluxExplorer．它整合了多种基于化学计量矩阵的分析方法，如流平衡分析（flux balance analysis，FBA）等．这些分析方法可对代谢网络的各种特性进行全面而深入的刻画．在该平台上，用户只需通过简单的图形化建模过程，就能直观构建并分析自己的目标网络．同时，该平台能自动地查找模型中不符合建模规则的结点，以便用户修改．此外，该平台支持系统生物学建模语言（system sbiology markup language，SBML）．利用该平台成功地构建了哺乳动物线粒体的代谢网络，并得到了一些有生物学意义的模拟结果．可以说，该平台是一个分析功能强大且使用方便的代谢网络模拟工具．