ISOLATION AND CHARACTERIZATION OF MICROSATELLITE MARKERS FROM cDNA LIBRARY OF SOLEN GRANDIS
大竹蛏(Solen grandis)cDNA文库中微卫星标记的筛选

利用微卫星查找软件SSRIT对大竹蛏cDNA文库(2038条EST)中2—6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行了筛选。最少重复次数设定为5次, 共发现包含微卫星位点的EST 96条, 占整个EST数据库的4.71%; 共发现微卫星位点103个, 其中含双碱基重复序列77个, 数量最多, 占总数的74.76%; 三、四碱基重复序列分别占微卫星序列总数的22.33%、2.91%, 没有发现五或六碱基的重复。对含有SSR位点符合微卫星引物设计的EST序列, 利用在线引物设计软件Primer 3设计合成引物14对, 以南通野生群体为模板PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳发现, 其中5对有多态性位点。在5个微卫星位点上, 等位基因的数目从2—7个不等, 观测杂合度和期望杂合度分别为0.067—1.000和0.066—0.775, 香农指数在0.146—1.545之间。结果表明, 所筛选的微卫星标记可用于遗传分析。