酵母基因上游区与内含子可能的短程和长程转录协同增效作用

根据实验观察到的DNA成环和弯折机制，以140bp为分界点，探讨高频转录基因上游区与内含子之间可能存在的短程和长程转录协同增效作用（synergy）。用与随机序列做对比的方法，抽提出最近距离在140bp以下的寡核苷酸对，以及最近距离在140bp以上的寡核苷酸对。仔细分析两种距离下的可能的协同寡核苷酸对的位置特征和碱基组分，发现短程协同作用的寡核苷酸对的平均最近距离都在110bp以下，位于上游区的CCAA是一个很明显的特征；而长程协同作用的寡核苷酸对的平均最近距离集中在250-400bp，并且在多数寡核苷酸对中，位于上游区的寡核苷酸是GC丰富的正调控元件。