Isolation and identification of MHC-DRB gene exon 2 in the Yangtze finless porpoise
长江江豚MHC-DRB基因第二外显子的分离鉴定

主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)在脊椎动物的免疫系统中起着重要的作用,常作为适应性遗传标记应用于保护遗传学研究.长江江豚(Neophocaena phocaenoides asiaeorientalis)是惟一生活于淡水环境中的江豚种群,且已处于濒危状况.为了开发适用于长江江豚保护遗传学研究的MHC遗传标记,首次采用北象海豹(Mirounga angustirostris)的一对DRB基因引物对长江江豚的基因组进行扩增,从5个个体中成功扩增并测序得到5条MHC DRB基因第二外显子188 bp的核苷酸序列.BLAST结果表明这5条DRB特异序列与Gen-Bank中白鲸(Delphinapterus leucas)的DRB2序列具有较高的同源性,从而证实得到了预期扩增位点.进一步分析发现:这5条序列在4个核苷酸位点上产生替代,翻译后氨基酸序列在3个位点上发生替代;均具有完整的开放阅读框;且核苷酸的非同义替代率远远高于同义替代率;此外,从同一个体分离到两种以上不同DRB核苷酸序列,暗示着长江江豚在DRB座位上可能存在基因重复现象.初步分析结果表明长江江豚的DRB基因具有核苷酸多态性和氨基酸多态性及潜在功能性,并经受着强烈的自然选择.因此,该DRB座位可以作为适应性遗传标记进一步用于长江江豚遗传多样性以及种群适应能力评估等保护遗传学研究.