拟南芥蛋白质丰度与基因翻译效率关联分析

蛋白质的合成是一个复杂的过程，其中蛋白质丰度是衡量基因表达的一个最终指标，在生物体生命活动中具有重要作用的蛋白质通常都为高丰度蛋白质。通过对PaxDB网站拟南芥各组织器官蛋白质丰度的统计，并采用DAMBE和CodonW计算其对应基因的ITE和CAI值，最后用R语言分析蛋白质丰度与ITE的关系，并采用对数值替代原有的丰度值。结果表明，所使用的ITE较原有CAI的分析方法更有效，在拟南芥的基因中高表达基因在不同的组织中有相似的表达水平，拟南芥蛋白质丰度与ITE有很好的相关性，并且ITE值能更好地拟合拟南芥蛋白质丰度值的变化