香蕉EST-SNP标记的开发

为发掘出一批香蕉的SNP位点、进一步研究香蕉的遗传关系、相关性状的定位等打下基础，从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information，NCBI)的dbEST数据库下载46 665条香蕉EST序列，经生物信息学方法分析发掘EST-SNP位点，并对其所在核酸序列进行功能注释分析。通过对46 665条EST进行拼接，共得到3 490条重叠群(contigs)，在含有4条以上重叠群中发现有39条重叠群中含有SNP位点，从中筛选出127个候选SNP位点，其碱基突变类型中转换、颠换分别占SNP位点总数的63.78%、36.22%。通过序列比对分析发现了34个与香蕉相关基因，证明NCBI中的香蕉EST数据库数据量大，能够发掘出SNP标记对香蕉进行品种鉴定、分类和遗传多样性分析