喀斯特山区大眼鳜线粒体 CO Ⅰ基因序列分析

为了解喀斯特山区大眼鳜3个地理群体内和群体间的遗传变异特点，采用PCR技术对169尾个体的线粒体DNA COⅠ基因进行扩增、测序，获得的序列长度为1512 bp。分析显示，碱基A、T、C、G的平均含量分别为24．9％、28．6％、28．7％、17．8％，其中 A＋ T （53．5％）含量高于G＋ C （46．5％）含量。169个样本共检测到5个多态位点，并定义了5种单倍型。对喀斯特山区大眼鳜群体COⅠ基因与洞庭湖大眼鳜COⅠ基因序列进行序列差异分析，结果显示，两者之间存在10个变异位点，集中在1268～1456 nt。喀斯特山区3个群体间4种碱基在密码子3个位点上的使用频率无差别，与洞庭湖大眼鳜相比，密码子第1位上的4种碱基含量差别不大，密码子第2位上T含量（40．9％）高于后者（39．9％），而A和C含量则低于后者；与洞庭湖翘嘴鳜比较差别很小，但与斑鳜、暗鳜、长身鳜和波纹鳜4种鳜鱼比较，在密码子第1位和第3位存在不同差异，特别是暗鳜和波纹鳜密码子第3位中A含量（30．0％）明显低于喀斯特山区大眼鳜（31．8％），而波纹鳜G（8．9％）明显高于后者（7．3％）。喀斯特山区大眼鳜平均单倍型多样性为0．395，平均核苷酸多样性为0．00029，遗传多样性贫乏