苹果DREB转录因子家族全基因组鉴定与分析

DREB转录因子属于AP2/ERF转录因子家族，能够与DRE/CRT顺式作用元件特异性结合，调控与逆境应答基因的表达，因而在植物应对低温、干旱、高盐等逆境胁迫中发挥重要作用。该研究利用苹果全基因组数据，通过生物信息学手段鉴定苹果DREB转录因子家族成员，并分析DREB转录因子家族保守域特点与功能及表达情况。结果表明：从苹果全基因组中共鉴定出60个DREB转录因子家族成员，与拟南芥和水稻相比基本一致，通过引入拟南芥DREB基因进行系统发生分析，进一步可以将其细分为6个亚组；结构域和保守元件分析表明，DREB基因家族含有一个AP2保守结构域；染色体定位表明,苹果DREB基因分布于11条染色体上，部分基因存在串联复制现象；基因结构分析显示,该亚家族基因不含内含子。利用同源拟南芥RNA Seq数据分析结果表明，DREB转录因子家族对低温、ABA调节等非生物胁迫具有调控作用，同时在DREB亚家族中每个亚组响应不同的非生物胁迫；通过分析DREB基因在不同组织中的表达情况，结果显示DREB基因在植物根部中的表达量最强，其次是叶。