稀有鮈鲫卵黄蛋白原基因全序列的克隆与分析

稀有鮈鲫(gobiocyprisrarus)是我国特有的一种小型鲤科鱼类,目前已作为一种新型模式生物应用于实验研究。本实验运用普通pcr方法克隆得到一段长6299bp的序列,序列分析后发现编码区与稀有鮈鲫卵黄蛋白原cdna序列相似性为100%。再参考6299bp序列5’端设计两对特异性引物,进行基因组步移,获得长度为1285bp的序列。经过序列拼接后得到7573bp的序列,分析发现其中含卵黄蛋白原基因全序列长度为6595bp、卵黄蛋白原基因上游调控序列长度为978bp。进一步分析开放性阅读框得知：稀有鮈鲫卵黄蛋白原基因含有26个外显子和25个内含子,编码1299个氨基酸序列,cds长3900bp。经blast比对发现,稀有鮈鲫卵黄蛋白原上游调控序列中220-838bp区间与朝鲜鱊(acheilognathusyamatsutae)卵黄蛋白原基因启动子序列2857-3469bp区间有80%相似性。