hiv-1整合酶与l708,906抑制剂结合模式及运动性的研究

前期工作已用分子对接方法获得了hiv-1整合酶与l708,906抑制剂分子的复合物模型(in_l708,906)，现从距离、能量和氢键三个方面详细地分析了in_l708,906模型中的关键残基．结果表明，复合物模型与蛋白质晶体库中整合酶(in)与5citep的结合模式相近．用主成分分析和动力学交叉相关图方法分别研究了in_l708,906复合物模型和in单体的运动模式及相关性差异．计算结果显示，l708,906抑制剂的结合使得in功能loop区残基柔性下降、分子规律性运动的丧失及集团运动相关性的无序增加，这些可能是酶活性下降的主要因素．模拟结果将有利于基于芳香二酮酸类的抗hiv药物设计．