应用dgge技术分析流清河湾扇贝养殖海区细菌群落结构的季节变化

细菌是海区生态环境的重要组成部分,为了解扇贝养殖海区细菌群落结构的季节性变化,连续11个月(2009年5月—2010年4月,2月除外)定期采集青岛流清河湾扇贝养殖海区水深0.5m处水样,过滤收集粒径0.22~3.00μm的微生物,采用ctab法提取样品总dna,pcr扩增细菌16srdnav3-v5可变区序列,并通过dgge技术对所得序列进行分离,结果共得到36条不同位置的条带,1月份水样细菌群落条带数最为丰富,3月份水样的细菌群落条带数最少。基于各月份dgge条带数目和相对光密度,对11个月份样品的细菌群落多样性进行upgma聚类分析,结果表明,3、4和5月份细菌群落多样性具有较高的相似性,优先聚为一支,其余月份中,7月和8月,9月和12月,10月和11月分别优先聚为一支,而1月份和6月份均单独分为一支。剪切dgge图谱中的20条主要谱带重扩增、测序,并进行blast比对。结果表明,20条序列与已知序列的相似性均在94%以上,这20条序列所代表的细菌分属于α-变形菌亚门(α-proteobacteria)、β-变形菌亚门(β-proteobacteria)、γ-变形菌亚门(γ-proteobacteria)、拟杆菌门(bacteroidetes)、放线菌门(actinobacteria)和疣微菌门(verrucomicrobia)。