斑点叉尾鮰源海豚链球菌dgx07株sima基因克隆、鉴定及分子特性分析

以primerp14(5′-gatcaagtcc-3′)为引物对分离自患病斑点叉尾鮰海豚链球菌强毒株dgx07进行rapd分析。同时参照genbank中海豚链球菌sima基因序列设计特异性引物,以dgx07基因组dna为模板,扩增出约1500bp的sima基因,并将其克隆到pmd19-t载体上,之后对重组质粒进行pcr和双酶切(bamhⅰ+xhoⅰ)鉴定,鉴定正确后送测序公司测序。rapd分析结果显示,dgx07和标准菌株均能扩增出750bp大小的条带。通过生物信息学软件对测序结果分析显示,sima基因全长1566bp,由521个氨基酸组成,与海豚链球菌sima和simb亲缘性达100%,存在1个由41个氨基酸组成的信号肽,具有bap31和gram_pos_anchor两个超家族的保守结构域;具有与蛋白翻译后修饰功能相关的磷酸化位点22个和n-糖基化位点2个,编码多肽链中亲水区大于疏水区,是一种膜外蛋白,并具有多个抗原优势位点区域。密码子偏爱性分析表明,斑点叉尾鮰源海豚链球菌sima基因密码子使用频率差异较大,密码子偏爱性与酵母较为接近。获得genbank登录号为jf330100。