草鱼ⅰ型胶原蛋白α1基因cdna全序列克隆、组织分布及其生物信息学分析

利用pcr和race方法首次克隆了编码草鱼肌肉ⅰ型胶原蛋白的α1基因(col1a1)的cdna全长序列,为5772bp,其开放阅读框为4347bp,编码1448个氨基酸。blast同源性分析结果显示,草鱼col1a1基因的氨基酸序列与斑马鱼、金鱼同源性较高,分别为93.90%和93.60%,呈现出较高的保守性。系统进化树分析表明,该基因与斑马鱼、金鱼处于同一支,亲缘性最近。生物信息学分析显示,草鱼col1a1蛋白质的相对分子质量为137.2ku,理论等电点是5.44,为α螺旋β折叠三重螺旋结构蛋白。有18段三重螺旋重复域,22段低复杂度域,17个功能域。col1a1蛋白有33~69,1249~1355两个绑定钙的区域和62~104一个绑定锌的区域。利用半定量rt-pcr方法检测的组织表达结果表明,col1a1基因在草鱼肌肉、肠道、肝胰脏、鳃、皮肤、鳍条、肾脏和脾脏8个组织中均有表达,其中在皮肤、鳃、肾脏、鳍条组织中的mrna表达量高于其他4个组织(p<0.05)。