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ISSN: 2333-9721
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软件学报  2008 

两元指纹向量聚类问题的复杂性与改进启发式算法

, PP. 500-510

Keywords: 算法,复杂性,指纹向量聚类,基因表达谱,团划分

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Abstract:

证明丢失值位数不超过2的指纹向量聚类问题为np-hard,并给出figueroa等人指纹向量聚类启发式算法的改进算法.主要改进了算法的实现方法.以链表存储相容顶点集合,并以逐位扫描指纹向量的方法产生相容点集链表,可将产生相容点集的时间复杂性由o(m·n·2p)减小为o(m·(n-p+1)·2p),可使划分一个唯一极大团或最大团的时间复杂性由o(m·p·2p)减小为o(m·2p).实际测试显示,改进算法的空间复杂性平均减少为原算法的49%以下,平均可用原算法20%的时间求解与原算法相同的实例.当丢失值位数超过6时,改进算法几乎总可用不超过原算法11%的时间计算与原算法相同的实例.

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