肉鸡h9n2亚型禽流感病毒全基因测序及遗传进化分析

？根据genbank登陆的h9n2亚型禽流感病毒（aiv）的全基因序列，设计11对引物，运用rt-pcr方法扩增a／chicken／zhejiang／hj／2007(h9n2)毒株8个基因片段，并克隆到pmd18-t载体中进行序列测定。基因序列比较及遗传进化分析结果表明，所克隆的8个基因片段均有hj毒株完整的开放阅读框（orf），其血凝素（ha）基因蛋白裂解位点的氨基酸组成为-pskssr*g-，为不连续的碱性氨基酸，符合低致病性aivha基因裂解位点的序列特征；与qa/hk/g1/97的进化关系较近，处在同一分支。其神经氨酸酶（na）基因在63、64、65位点上有3个氨基酸（t、e、i）缺失，在遗传进化上属于常见的ck/bj/1/94（dk/hk/y280/97）群系。核蛋白（np）基因整合有同地分离的h5n1亚型流感病毒np基因片段，进化关系较近。基质蛋白（m）基因与1999年香港感染儿童的两株流感病毒（hk/1073/99和hk/1074/99）进化关系属于同一分支。非结构蛋白（ns）基因与近年来分离的猪源h9n2亚型流感病毒进化关系相近，和1998年首次报道的猪源h9n2亚型流感病毒（sw/hk/9/98）处在同一进化分支。聚合酶蛋白（pa、pb2、pb1）中，pb1从33-47位存在15个连续碱基缺失，是首次报道该基因orf内存在缺失，从遗传进化上和近年来分离的h5n1亚型流感病毒处在同一分支上；pa基因从遗传进化上和pb1基因类似；pb2基因与常见的流感病毒毒株的遗传进化关系较远，在相应的进化树另成分支。因此，a／chicken／zhejiang／hj／2007(h9n2)是由不同流感病毒基因亚系间发生自然重排的产物。