全部 标题 作者
关键词 摘要

OALib Journal期刊
ISSN: 2333-9721
费用:99美元

查看量下载量

相关文章

更多...

基于核糖体dna第二内部转录间隔区(its2)序列鉴定四季青及其近缘种和混伪品

, PP. 561-570

Keywords: 四季青,dna条形码,冬青属,第二内部转录间隔区(its2),鉴定

Full-Text   Cite this paper   Add to My Lib

Abstract:

?中药材四季青(ilicischinensisfolium)的基原植物冬青(ilexchinensis)是重要的园林观赏物种。利用dna条形码技术可以快速、准确鉴定四季青及其近缘种和混伪品。本研究以冬青、铁冬青(ilexrotunda)、秤星树(ilexasprella)、枸骨(ilexcornuta)和女贞(ligustrumlucium)等37份植物样本为实验材料,提取全基因组dna,扩增核糖体dna第二内部转录间隔区(internaltranscribedspacer2,its2)序列并进行双向测序。测序结果利用codoncodealigner4.2.7进行序列拼接,获得高质量its2序列。同时从genbank中获得28条冬青的同属近缘种以及混伪品女贞、四川山矾(symplocossetchuensis)的its2序列。基于隐马尔科夫模型(hiddenmarkovmodel,hmm)注释5.8s和28s,获得完整的its2区域,进而应用mega6.0(molecularevolutionarygeneticsanalysis)进行冬青种间和种内序列分析,计算种内种间k2p(kimura2-parameter)遗传距离,构建邻接树(neighbor-joiningtree,njtree)。结果表明,琼脂糖凝胶电泳得到清晰明亮的均一条带,说明利用通用的its2引物可以成功扩增到用于测序的pcr产物。通过pcr产物测序、数据处理和序列分析可知,冬青种内its2长度经过比对后为239bp,全部样品的种间its2比对后长度为269bp。冬青种内有4个变异位点以及6个单倍型,种间有143个变异位点,远远多于其种内变异位点。mega6.0分析结果表明,种间最小k2p遗传距离(0.094)大于种内最大k2p遗传距离(0.013)。邻接树显示,女贞和四川山矾分别以100%的自展支持率分别聚类,表现出良好的单系性,冬青属物种聚为一大支。冬青在冬青属下可以单独聚为一支,可以进行区分。冬青属其他物种以同一亚属聚为一支。研究结果表明,作为一种快速、准确、简便的分子生物学鉴定方法,its2可以应用于冬青及其近缘种和混伪品的鉴定,同时对于准确鉴定冬青属物种亦有巨大潜力,可为冬青属植物在临床上的用药安全和开发应用提供科学依据。

Full-Text

Contact Us

service@oalib.com

QQ:3279437679

WhatsApp +8615387084133