副猪嗜血杆菌肽聚糖相关脂蛋白（pala）的序列分析及三维结构建模

？为深入研究副猪嗜血杆菌（haemophilusparasuis，hps）肽聚糖相关脂蛋白（peptidoglycanassociatedlipoprotein，pala）的生物学特性，设计了一对特异性引物，应用pcr方法来扩增hpspala的全基因序列，进行克隆和测序。采用生物信息学方法，对hps的pala基因核苷酸及其编码氨基酸序列进行比对，选取其中的血清学5型分离株，对其pala蛋白的分子结构、理化性质及结构功能域、蛋白质二级结构等重要参数进行了预测和分析，并对pala蛋白的三级结构进行了同源建模。结果显示，pcr扩增出462bp的目的片段；测序结果显示出不同血清型hps之间pala基因核苷酸序列相似性有一定的差异，而所对应的氨基酸序列却差异很小；密码子偏爱性分析表明pala基因主要偏好gca和aaa；pala蛋白的理论等电点为6.28，偏弱酸性；pala蛋白的二级结构以α螺旋、不规则卷曲和延伸链为主要构件；hps的pala蛋白的氨基酸序列与流感嗜血杆菌pal蛋白的相似性为71.97%，以pal蛋白结构为模板成功构建了hps的pala蛋白三维结构分子模型，该pala蛋白三维结构与pal蛋白相似，也含有肽聚糖结合口袋区，主要由第80位的酪氨酸（tyr）、第39位的苯丙氨酸（phe）和第84位的亮氨酸（leu）组成。hps的pala蛋白的成功建模为pala蛋白功能的深入研究提供了参考依据。