Yao, X. X.; XU, S. M. Acta Chim. Sinica 2011, 69, 405 (in Chinese).(姚雪霞，徐素明，化学学报, 2011, 69, 405.)
[2]
Perryman, A. L.; Zhang, Q.; Soutter, H. H.; Rosenfeld, R. ; McRee, D. E; Olson, A. J.; Elder, J. E.; Stout, C. D. Chem Biol Drug Des. 2010, 75, 257.
[3]
Wu, E. L.; Wong, K. Y.; Zhang, X.; Han, K. L.; Gao, J. L. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 2477.
[4]
Zhang, S. L.; Zou, J. W.; Jiang, Y. J.; Mao, X.; Zhang, B.; Liu, H. C.; Yu, Q. S. J. Med. Chem. 2005, 48, 7208.
[5]
Klepeis, J. L.; Lindorff-Larsen, L.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2009, 19, 120.
[6]
Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Roberts, B. P.; Hayik, S.; Roitberg, A. E.; Seabra, G.; Swails, J.M.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wolf, R. M.; Liu,J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Cai, Q.; Ye, X.;Wang, J.; Hsieh, M.-J.; Cui, G.; Roe, D. R.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Salomon-Ferrer, R.; Sagui, C.; Babin, V.; Luchko, T.; Gusarov, S.; Kovalenko, A.; Kollman, P. A. AMBER 12; University of California: San Francisco, CA, 2012.
[7]
Leach, A. R.. Molecular Modelling Principles and Applications 2nd ed., Ed.: World Publising Company, Beijing, 2003, Chapter 4
[8]
Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling C. PROTEINS: Structure , Function, and Bioinformatics 2006,65, 712
[9]
Lindorff, L. K.; Piana, S.; Palmo, K.; Maragakis, P.; Klepeis, J. L.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Protein Force Field 2010, 78, 1950.
[10]
Sa-Filho, D. J.; Costa, L. J.; de Oliveira, C. F.; Guimaraes, A. P.; Accetturi, C. A.; Tanuri, A.; Diaz, R. S. J. Clin. Virol. 2003, 28, 186.
[11]
Hong, L.; Zhang, X. C.; Hartsuck, J. A.; Tang, J. Protein Sci. 2004, 9, 1898.
[12]
Hu, G. D.; Zhu, T.; Zhang, S. L.; Wang, D. Y.; Zhang, Q. G. Eur. J. Med. Chem. 2010, 45, 227.
Stoica, I.; Sadiq, S. K.; Coveney, P. V. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2639.
[15]
Cai, W. S.; Chipot, C. Acta Chim. Sinica 2013, 71, 159 (in Chinese).(蔡文生, Christophe Chipot. 化学学报, 2013, 71, 159.)
[16]
Hu, G. D.; Chen, J. Z.; Shi, S. H.; Yi, C. G.; Zhang, S. L.; Zhang, Q. G. Acta Chim. Sinica2010, 68, 603 (in Chinese). (扈国栋，陈建中，时术华，尹长虹，张少龙，张庆刚，化学学报，2010, 68, 603.)
[17]
Chen, J. Z.; Yang, M. Y.; Hu, G. D,; Shi, S. H.; Yi, C. H.; Zhang, Q. G. J. Mol. Model, 2009, 15, 1245.
[18]
Wang, J.; Wolf, R. M.; Case, D. A.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157.
[19]
Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W. Computer Physics Communications 1995, 91, 1.
[20]
Adcock, S. A.; McCammon, J. A. Chem. Rev. 2006, 106, 1589.
[21]
Wu, E. L.; Han, K. L.; Zhang, J. Z. H. Chem. Eur. J. 2008, 14, 8704.
[22]
Hu, J. P.; Sun, T. G.; Chen, W. Z.; Wang, C. X. Acta Chim. Sinica 2006, 64, 2079 (in Chinese).(胡建平, 孙庭广, 陈慰祖, 王存新, 化学学报, 2006, 64, 2079.)
[23]
Zhuang, S. L.; Yu, Q. S.; Zou, J. W.; Jiang, Y. J.; Chen, Y. D.; Zhang, H. X.; Jin, H. X.; Liu, H. C.; Zhang, N. J . Mol. Struct. (Theochem) 2006, 763, 97.
[24]
Miller, III, B. R.; McGee, Jr., T. D.; Swails, J. M.; Homeyer, N.; Gohlke, H.; Roitberg , A. E. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 3314.
[25]
Fogolari, F.; Brigo, A.; Molinari, H. J. Mol. Recognit. 2002, 15, 377.
[26]
Gohlke, H.; Kiel, C.; Cade, D. A. J. Mol. Biol. 2003, 330, 891.
[27]
De Clercq, E. Nat Rev. Drug Discov. 2007, 6, 1001.
[28]
Sun, D. F.; Wang, J. L.; Zhang, S. L.; Zhang, Q. G.; Zhang, Y. C. Shandong science, 2012, 25, 20 ( in Chinese ). (孙德福，王加磊，张少龙，张庆刚，张怿慈，山东科学，2012，25，20. )
