OALib Journal期刊
ISSN: 2333-9721
费用：99美元

投递稿件

查看量	下载量

相关文章
更多...

化学学报 2015

核酸碱基与甘氨酸二肽间氢键作用的最佳位点

DOI: 10.6023/A14120869, PP. 357-365

刘畅,于歌,黄翠英,王长生

Keywords: 甘氨酸二肽,核酸碱基,氢键复合物,结合能,质子化反应,去质子化反应

Full-Text Cite this paper Add to My Lib

Abstract:

优化得到了碱基腺嘌呤、胸腺嘧啶、尿嘧啶、鸟嘌呤及胞嘧啶与甘氨酸二肽分子形成的28个氢键复合物的稳定结构并计算了结合能,探讨了五种碱基与甘氨酸二肽分子间氢键作用的最佳位点.本文研究发现每种碱基均可以通过不同位点与二肽分子形成氢键复合物,腺嘌呤、胸腺嘧啶、尿嘧啶、鸟嘌呤及胞嘧啶分别最倾向使用A3、T1、U1、G3及C1位点与甘氨酸二肽分子形成氢键复合物;碱基分子某位点的质子化反应焓变越负所形成的氢键复合物越稳定,去质子化反应焓变越小所形成的氢键复合物越稳定;由氢键复合物的结合能计算得到的稳定性次序与由碱基分子质子化和去质子化反应焓变推得的稳定性次序一致.

References

[1]	Robertson, A. D.; Murphy, K. P. Chem. Rev. 1997, 97, 1251.
[2]	Li,Y.; Wang, C. S. J. Comput. Chem. 2011, 32, 2765.
[3]	Li, S. S.; Huang, C. Y.; Hao, J. J.; Wang. C. S. J. Comput. Chem. 2014, 35, 415.
[4]	Schroeder, R.; Grossberger, R.; Pichler, A.; Waldsich, C. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 296.
[5]	Wang, Z. X.; Wu, C.; Lei, H. X.; Duan, Y. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1527.
[6]	Li, Y.; Jiang, X. N.; Wang. C. S. J. Comput. Chem. 2011, 32, 953.
[7]	Fu, Y. W.; Gao, J. M.; Bieschke, J.; Dendle, M. A.; Kelly, J. W. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15948.
[8]	Laudo, M. D.; Whittleton, S. R.; Wetmore, S. D. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10406.
[9]	Vargas, R.; Garza, J.; Friesner, R. A.; Stern, H.; Hay, B.; Dixon, D. A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4963.
[10]	Huang, C. Y.; Li, Y.; Wang, C. S. Sci. China Chem. 2013, 56, 238.
[11]	Feyer, V.; Plekan, O.; Tsud, N.; Lyamayev, V.; Chab, V.; Matolin, V.; Price, K. C.; Carravetta, V. J. Phys. Chem. C 2010, 114, 10922.
[12]	Folliet, N.; Gervais, C.; Costa, D.; Lauient, G.; Babonneau, F.; Stievano, L.; Lambert, J. F.; Tielens, F. J. Phys. Chem. C 2013, 117, 4104.
[13]	Chatterjee, A.; Zhang, L.; Leung, K. T. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 10968.
[14]	Hanus, M.; Kabelac, M.; Rejnek, J.; Ryaacek, F.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B 2004, 108(6), 2087.
[15]	Steindal, A. H.; Ruud, K.; Frediani, L.; Aidas, K.; Kongsted, J. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 3027.
[16]	Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; et al. Gaussian 09, Revision A.02, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2009.
[17]	Biegler, K. F.; Schonbohm, J.; Bayles, D. J. Comput. Chem. 2001, 22, 545.
[18]	Sun, L.; Cukier, R. I.; Bu, Y. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1802.
[19]	Lin, X. F.; Sun, C. K.; Yang, S. Y.; Yu, S. W.; Yao, L. F.; Chen, Y. S. Acta Chim. Sinica 2011, 69, 2787. (林雪飞, 孙成科, 杨思娅, 余仕问, 姚立峰, 陈益山, 化学学报, 2011, 69, 2787.)
[20]	Shi, Z. M.; Song, Y.; Lu, F.; Zhou, T. Y.; Zhao, X.; Zhang, W. K. ; Li, Z. T. Acta Chim. Sinica 2013, 71, 51. (施朱明, 宋宇, 陆方, 周天佑, 赵新, 张文科, 黎占亭, 化学学报, 2013, 71, 51.)
[21]	Garvie, C. W.; Wolberger, C. Molecular Cell 2001, 8(5), 937.
[22]	Schwabe, J. W. R. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7(1), 126.
[23]	Janin, J. Struct. Folding Design 1999, 7(12), 277.
[24]	Hunter, K. C.; Wetmore, S. D. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 1933.
[25]	Stivers, J. T.; Jiang, Y. L. Chem. Rev. 2003, 103, 2729.
[26]	Rozas, I.; Alkorta, I.; Elguero, J. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 3335.
[27]	Seong, G. H.; Niimi, T.; Yanagida, Y. Anal. Chem. 2000, 72(6), 1288.
[28]	Dabkowska, I.; Rak, J.; Gutowski, M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7423.
[29]	Janke, E. M. B.; Weisz, K. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 12136.
[30]	Cherstvy, A. G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 4242.
[31]	Gu, J.; Wang, J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13590.
[32]	Jeong, E.; Kim, H.; Lee, S. W.; Han, K. Mol. Cells 2003, 16, 161.
[33]	Panecka, J.; Havrila, M.; Reblora, K.; Sponer, J.; Trylska, J. J. Phys. Chem. B 2014, 118, 6687.
[34]	Liu, D. J.; Wang, C. S. Acta Phys.-Chim. Sin. 2012, 28, 2809. (刘冬佳, 王长生, 物理化学学报, 2012, 28, 2809.)
[35]	Betancourt, M. R. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 599.
[36]	Liu, S.; Li, S. S.; Liu, D. J.; Wang, C. S. Acta Phys.-Chim. Sin. 2013, 29, 2551. (刘帅, 李书实, 刘冬佳, 王长生, 物理化学学报, 2013, 29, 2551.)
[37]	Radhakrishnan, M. L.; Tidor, B. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 13419.
[38]	Rahimian, M.; Miao, Y.; Wilson, W. D. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8770.

Full-Text

Contact Us

service@oalib.com

QQ:3279437679

WhatsApp +8615387084133