贝叶斯一致性分析法在全基因组系统发生树分析上的应用

构建系统发生树时，其拓扑结构会在不同的基因组区域产生不一致性。对此问题，贝叶斯一致性分析法（Bayesian Concordance Analysis, BCA）可在全基因组规模上进行系统发生树分析，并进而对不一致性信息进行量化统计。该法以基因组序列文件作为输入，调用若干生物信息学软件（如VCFtools, RepeatMasker, PAUP*4.0, MrModelTest, Mr.Bayes等）对其进行屏蔽重复序列、序列比对等处理，辅以Perl语言脚本，最终得到全基因组范围上不同区段系统发生树不一致信息。系统发生树的不一致性信息有助于进行进一步研究对于基因组的不同区段的进化历史。最后，本文利用此方法，对由C3H/Hu小鼠和129/Sv小鼠回交多代产生的129S1小鼠进行系统发生树分析，在基因组层面上证明了C3H/Hu小鼠对129S1小鼠基因组的贡献程度较小