水稻条纹病毒山东济宁分离物RSV-SD-JN2分子变异分析

为从分子水平探讨强致病性水稻条纹病毒山东济宁分离物RSV-SD-JN2的变异及其致病性,采用RT-PCR技术,克隆RSV-SD-JN2的RNA3、RNA4区段cDNA。结果显示,RSV-SD-JN2的RNA3和RNA4核苷酸序列长度分别为2？487、2？157？bp;RNA3中,NS3基因长为636？bp,基因间隔区(IR)为725？bp,CP基因为969？bp;RNA4中,SP基因长为537？bp,基因间隔区(IR)为654？bp,NSvc4基因为861？bp。不同时期、不同区域和不同致病性的RSV分离物的序列比较发现,RNA3、RNA4序列5'和3'末端非编码区具有高度保守性,仅存在个别碱基的差异;基因编码区保守性较高,核苷酸和氨基酸序列同源性分别在93％和97％以上,且大部分碱基变异为无意义变异;基因间隔区(IR)易于变异。RSV的分子变异与其地理分布具有密切的关系。RNA4的IR的变异导致RNA二级结构――发夹结构的稳定性提高是病毒致病性增强的重要原因。