大麦叶绿体基因RNA编辑位点的预测与鉴定

RNA编辑是一种特殊的转录后加工过程，是陆生植物叶绿体基因组在转录后水平上调控基因表达的一种重要方式。为了给研究叶绿体基因RNA编辑功能及其发生机制提供依据，以栽培大麦为研究对象，采用生物信息学方法对其叶绿体的83个蛋白编码基因的RNA编辑位点进行预测和分析。结果在16个基因中发现了37个RNA编辑位点，且均为C到U的转换，其中5个发生在密码子的第一位，32个发生在密码子的第二位，未发现发生在密码子第三位的RNA编辑；采用blast工具，与NCBI数据库中的大麦EST序列进行了对比，确定其中的34个编辑位点是真实存在的,其中ndhB基因最多，为8个编辑位点；进一步利用生物信息学工具分析了ndhB中RNA编辑对其编码蛋白质的跨膜结构域和二级结构的影响，结果表明，ndhB467的编辑会引起蛋白质跨膜结构的增加，ndhB149的编辑会引起蛋白质二级结构的改变。最后还将预测的大麦编辑位点与其他4种禾本科叶绿体的编辑位点进行了比较。