蛋白质表面功能区的嫁接

报道了一种蛋白-蛋白相互作用表面位点的嫁接方法.首先确定被嫁接的配体表面结合区的重要残基,在骨架蛋白中搜索适合于嫁接这些残基的位点.基于对映残基的Cα,Cβ原子坐标,将骨架蛋白叠加到配体蛋白上,评估骨架蛋白与受体蛋白的互补性并留下互补性较好的骨架蛋白.细调骨架蛋白与受体蛋白的相对位置,使之具有合理的界面堆积密度.然后在骨架蛋白选出的位置上移植配体蛋白相应的残基.另外,对于与受体有严重碰撞的残基,或不能形成盐桥的包埋带电侧链,也予以突变.突变后的骨架蛋白与受体一起用Charmm进行能量优化.用刚性蛋白-蛋白复合物结构回归出一个适合于嫁接研究的打分函数.利用打分函数对骨架蛋白的结合自由能进行评估.