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生态学杂志 2009
Phylogenetic diversity of bacteria associated with dinoflagellate Alexandrium catenella
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Abstract:
采用非分离培养分析方法,直接提取链状亚历山大藻(Alexandrium catenella)共附生细菌总DNA,以之为模板进行PCR扩增获得细菌16S rDNA基因片段,并构建16S rDNA克隆文库。通过16S rDNA限制性酶切片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)和测序方法对链状亚历山大藻共附生细菌的多样性进行了研究。84个16S rDNA克隆片段经限制性内切酶HaeⅢ酶切分析,得到30种不同的酶切指纹类型。挑选50个克隆子进行测序获得其16S rDNA部分序列,并对16S rDNA序列进行聚类分析构建了系统进化树。结果表明,链状亚历山大藻共附生的细菌多样性较强,优势细菌类群为变形菌α亚群(α-Proteobacteria)和拟杆菌(Bacteroidetes),其中玫瑰杆菌(Roseobacter sp.)在α-Proteobacteria中占绝对优势。