%0 Journal Article
%T CRISPR1上游侧翼序列用于大肠埃希菌和志贺菌鉴定的效果评价
%A 刘慧莹
%A 崔聪聪
%A 徐亚珂
%A 杨海燕
%A 梁文娟
%A 段广才
%A 郗园林
%A 陈帅印
%J 中华流行病学杂志
%D 2018
%R 10.3760/cma.j.issn.0254-6450.2018.12.013
%X 目的 探讨基于成簇规律间隔的短回文重复序列（CRISPR）1上游侧翼序列对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。方法 通过BLAST重复序列识别并获得全基因组测序大肠埃希菌和志贺菌的CRISPRs和CRISPR相关基因（CRISPR-associated，cas），并分析其种系；选取CRISPRs上、下游各500 bp侧翼序列，使用Clustal X进行序列比对；采用PCR方法扩增CRISPR1上游侧翼序列，以确定其对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。结果 73.4%（149/203）的大肠埃希菌存在I-E型CRISPR/Cas系统，包含了A、B1、D种系；8.4%（17/203）的大肠埃希菌存在I-F型CRISPR/Cas、17.2%（35/203）的大肠埃希菌不存在CRISPR/Cas，这2种大肠埃希菌均属于B2种系；9株志贺菌均存在I-E型CRISPR/Cas。在大肠埃希菌（B2种系外）、志贺菌CRISPR1上游和大肠埃希菌（B2种系）各存在61 bp侧翼序列，序列一致性为99%，且有种属特异性，PCR扩增此区域鉴定大肠埃希菌和志贺菌的灵敏度和特异度均>91%。结论 基于CRISPR1上游序列可用来鉴定大肠埃希菌和志贺菌，且具有很好的效果
%K 大肠埃希菌
%K 志贺菌
%K 成簇规律间隔的短回文重复序列
%K 侧翼序列
%K 鉴定
%U http://chinaepi.icdc.cn/zhlxbx/ch/reader/view_abstract.aspx?file_no=20181213&flag=1