%0 Journal Article
%T 长白落叶松小RNA测序和其靶基因预测
%A 张含国
%A 张磊
%A 张素芳
%A 张莉
%A 赵佳丽
%J 北京林业大学学报
%D 2016
%R 10.13332/j.1000-1522.20150404
%X 摘要 miRNA是近年来新发现的一种比较特殊的具有高度保守的小RNA,其在基因调控网络中扮演着重要的角色。本文借助Illumia测序平台,经过Solexa测序分析,对长白落叶松的miRNA进行了分析,最终筛选出了15 294 797条clean reads。比对结果显示,除去核糖体RNA(rRNA)2 991 972条、转运RNA(tRNA)65 264条、核内小RNA(snRNA)1 670条、核仁小RNA(snoRNA)467条等ncRNA以及重复序列6 421条,共获得未获得注释的miRNA 12 229 003条,占总注释小RNA的79.96%。利用miRDeep2对未注释的小RNA进行miRNA的筛选,共得到78个新发现的miRNA,分别隶属于miR164、miR166、miR160、miR950、miR396家族。通过进一步对靶基因的注释分析共得到333个与其相对应的靶基因;其功能包括转录因子类,未知功能蛋白,离子结合蛋白,延长因子,信号转导,细胞壁或细胞膜的生物合成等调控植物生长发育过程
%K 小RNA
%K 长白落叶松
%K miRNA
%K 靶基因
%U http://j.bjfu.edu.cn/CN/abstract/abstract10773.shtml