%0 Journal Article %T 藏羚羊基因组微卫星分析与初步验证<br>Genome-wide Characterization and Identification of Microsatellites in Pantholops hodgsoni %A 都玉蓉 %A 谭春敏 %A 徐永涛 %A 周智红 %A 马建滨 %A 郭松长 %J 四川动物 %D 2016 %X 中文摘要：为明确藏羚羊 Pantholops hodgsoni核DNA中微卫星分布情况和特征，利用MISA工具对藏羚羊基因组进行微卫星扫描。在全长2 696.89 Mb的藏羚羊基因组中，搜索到723 135个微卫星座位，其中完全型微卫星有675 809个。6种重复类型中，单核苷酸重复最多，有471 142个，占69.72%；其次是二核苷酸、三核苷酸，分别为88 832个和86 658个，占13.14%和12.82%；六核苷酸最少，仅215个，约占0.03%。以藏羚羊基因组DNA为模板对微卫星座位进行验证，在100个微卫星座位中筛选到8个具有多态性的微卫星座位，多态比例约为8%。本研究将为研究藏羚羊微卫星标记、群体遗传多样性、藏羚羊保护生物学提供基础。<br>英文摘要：To investigate the distribution and feature of simple sequence repeats or microsatellites (1~6 bp repeats), we screened the entire genome of Tibetan antelope ( Pantholops hodgsoni)(2 696.89 Mb) by using MISA. A total of 723 135 microsatellite loci including 675 809 perfect microsatellites were detected and characterized within the whole genome. Among these microsatellites, the most abundant repeat type was mononucleotide (69.72%), followed by di-(13.14%), tri-(12.82%), penta-(2.28%), tetra-(2.01%), hexa-(0.03%) nucleotide repeat types, and the motifs AC/GT (9.09%) and ACG/CTG (4.64%) appeared in high frequency. An approximate evaluation was conducted by randomly amplifying 100 microsatellite loci, and 8 loci (8%) were proved to be polymorphic. This study provide abundant microsatellite markers for analysis of genetic variation, construction of genetic map, as well as the conservation biology investigation in P.hodgsoni. 2016,35(6): 845-851 收稿日期：2016-08-03 DOI：10.11984/j.issn.1000-7083.20160213 分类号：Q959.8 基金项目：青海省应用基础研究计划项目（2013-Z-751；2013-Z-750） 作者简介：都玉蓉(1968-),女,教授,研究方向:动物分子生态学,E-mail:xndyr@163.com *通讯作者：马建滨,E-mail:mjb_117@163.com;郭松长,E-mail:guo@nwipb.cas.cn 参考文献： 陈笑. 2005. 藏羚羊遗传多样性的微卫星分析[D]. 杭州:浙江大学. 程晓凤, 黄福江, 刘明典, 等. 2011. 454测序技术开发微卫星标记的研究进展[J]. 生物技术通报, 8:82-90. 崔建洲, 申雪艳, 杨官品, 等. 2006. 红鳍东方鲀基因组微卫星特征分析[J]. 中国海洋大学学报(自然科学版), 36(2):249-254. 贺培建.2004.藏羚羊遗传多样性研究[D]. 杭州:浙江大学. 李午佼, 李玉芝, 杜联明, 等. 2014. 大熊猫和北极熊基因组微卫星分布特征比较分析[J]. 四川动物, 33(6):874-878. 刘海珍, 邹小艳, 郭松长, 等. 2016. 卤虫(AC) n和(AG) n微卫星文库构建[J]. 四川动物, 35(3):356-360. 罗文永, 胡骏, 李晓方. 2003. 微卫星序列及其应用[J]. 遗传, 25(5):615-619. 马秋月, 戴晓港, 陈赢男, 等. 2013. 枣基因组的微卫星特征[J]. 林业科学, 49(12):81-87. 宁晔凤, 黎中宝, 戴刚, 等. 2015. 中国鲎基因组微卫星富集文库的构建及分析[J]. 海洋科学, 39(4):15-20. 戚文华, 蒋雪梅, 杜联明, 等. 2015. 牦牛和水牛全基因组微卫星分布规律及其比较分析[J]. 基因组学与应用生物学, 34(7):1406-1412. 王月月, 刘雪雪, 董坤哲, 等. 2015. 7种家养动物全基因组微卫星分布的差异研究[J]. 中国畜牧兽医, 42(9):2418-2426. 张学勇, 李大勇. 2000. 小麦及其近亲基因组中的DNA重复序列研究进展[J]. 中国农业科学, 33(5):14-24. 张于光, 李迪强, 饶立群, 等. 2003. 东北虎微卫星DNA遗传标记的筛选及在亲子鉴定中的应用[J]. 动物学报, 49(1):118-123. 周慧, 李迪强, 张于光, 等. 2006. 藏羚羊mtDNA D-loop区遗传多样性研究[J]. 遗传, 28(3):299-305. Du YR, Guo SC, Wang ZF, et al . 2010. Demographic history of the Tibetan antelope Pantholops hodgsoni (chiru)[J]. Journal of Systematics and Evolution, 48:490-496. %K 藏羚羊 %K 基因组 %K 微卫星 %K 多态性< %K br> %K 英文关键字： Pantholops hodgsoni %K genome %K microsatellite %K polymorphism %U http://www.scdwzz.com/viewmulu.aspx?qi_id=1617&mid=50527&xuhao=7