%0 Journal Article
%T 基于高通量测序的极小种群野生植物长梗杜鹃转录组分析<br>Transcriptome Analysis for <em>Rhododendron longipedicellatum</em> (Plant Species with Extremely Small Populations) Based on High Throughput Sequencing
%A 李太强
%A 刘雄芳
%A 万友名
%A 李正红
%A 起国海
%A 李钰莹
%A 刘秀贤
%A 和锐
%A 马艳
%A 马宏&lt
%A br&gt
%A LI Tai-Qiang
%A LIU Xiong-Fang
%A WAN You-Ming
%A LI Zheng-Hong
%A QI Guo-Hai
%A LI Yu-Ying
%A LIU Xiu-Xian
%A HE Rui
%A MA Yan
%A MA Hong
%J 植物研究
%D 2017
%R 10.7525/j.issn.1673-5102.2017.06.004
%X 为加强特有濒危植物长梗杜鹃资源的评价、保护和鉴定工作，及为今后遗传育种和改善其农艺性状提供有益参考。本研究采用新一代高通量测序平台Illumina HiSeq 4000对其转录组测序，得到的数据过滤后进行de novo组装并聚类去冗余，获得74 092个Unigenes，平均长度、N50、Q20、Q30以及GC含量分别为938 nt、1 616 nt、98.22%、95.20%和43.24%，其中1 Kb以上的Unigenes有23 879条。通过与七大功能数据库比对，分别有39 876（NR：53.82%）、38 065（NT：51.38%）、27 384（Swissprot：36.96%）、16 099（COG：21.73%）、30 401（KEGG：41.03%）、17 518（GO：23.64%）以及29 676（Interpro：40.05%）条Unigenes获得功能注释。长梗杜鹃转录组中的Unigenes根据GO功能大致可分为生物学过程、细胞组分和分子功能3大类56亚类，其中执行生物学过程的基因最多，占41.53%；与COG数据库比对，根据其功能大致可分为25类；以KEGG数据库为参考，可归为6个代谢通路大类、32类代谢途径，并发掘出176条与人类疾病相关的Unigenes，包括内分泌及代谢疾病（167条）和抗药性（9条）。根据注释结果共检测出39 418个CDS，未注释上的Unigenes使用ESTScan预测后获得3 194个CDS。同时，预出到1 488个编码TF的Unigenes，以及检测到57 927个SNP多态位点。该转录组分析为今后长梗杜鹃乃至杜鹃属植物功能基因挖掘与利用、基因克隆、抗性机理分析、遗传资源分类和进化、分子标记开发以及分子辅助育种等研究提供了基础数据和重要参考。<br
%K 长梗杜鹃
%K 转录组
%K Unigene
%K 功能注释
%K 编码序列
%K 转录因子
%K 单核苷酸多态性
%K &lt
%K br&gt
%K &lt
%K em&gt
%K Rhododendron longipedicellatum&lt
%K /em&gt
%K transcriptome
%K Unigene
%K gene annotation
%K CDS
%K Transcription Factor
%K SNP
%U http://bbr.nefu.edu.cn/CN/abstract/abstract3631.shtml