%0 Journal Article
%T 利用分析unigene在转录组中表达模式的方法拼接盐角草铵转运基因
%A 肖薪龙？
%A 张选？
%A 吴晓朦？
%A 马金彪？
%A 姚银安？
%J 生物工程学报
%P 1763-1773
%D 2014
%R 10.13345/j.cjb.140116
%X rna-seq技术能够全面快速地获得物种在某一状态下的转录本序列信息，但测序并组装后的大量unigene往往不包含完整orf(openreadingframe)。转录组库具有一定的冗余性，存在着属于同一个转录本的unigene，这些unigene因为无重叠区不能拼接而存在转录组库中。基于这种情况，为了拼接铵转运蛋白家族unigene，首先挑选注释为amt(ammoniumtransporter)且orf不完整的所有unigene(5条)，通过分析unigene在4个转录组的表达模式，其中2条unigene(uni4和uni5)具有相同的表达模式，推测可能来自同一转录本。然后通过ncbiblastx将这2条unigene与参考物种的amt蛋白质比对，确定其在转录本的位置及序列相互间没有交叠(如果两条编码序列相互交叠则不能组成同一个转录本)。结果发现uni4和uni5分别位于参考转录本5′端和3′端位置，因此假定它们属于同一个转录本，中间空缺约120bp未知序列。通过试验验证，分别在uni4和uni5上设计单正向引物和单反向引物，pcr扩增得到约800bp片段，将其测序并与两条unigene比对，证实uni4和uni5属于同一转录本且获得了缺失的未知序列。最终拼接得到1667bp序列，包含1482bp完整orf，编码494个氨基酸，通过系统进化分析将其归类为amt1亚家族，命名为seamt1。生物信息学手段预测seamt1蛋白与已知的其他物种amt性质相似。本研究采用转录组unigene表达模式聚类的方法挖掘潜在的同一转录本unigene，并且通过另外两组unigene检验了该方法的可行性。这一便捷方法有助于转录组中unigene的延伸和拼接，有助于完整orf的获得及后期基因功能研究。
%K 转录组测序
%K 基因表达
%K 序列组装
%K 克隆方法
%K rpkm
%K 氮吸收
%U http://journals.im.ac.cn/cjbcn/ch/reader/view_abstract.aspx?file_no=gc14111763&flag=1