%0 Journal Article
%T 基于高维特征非线性筛选的hla-a*0201限制性ctl表位预测
%A 韩娜
%A 袁哲明
%A 陈渊
%A 代志军
%A 王志明
%J 物理化学学报
%D 2013
%X 高活性细胞毒t细胞(ctl)表位鉴定是设计肿瘤疫苗的关键内容.采用天然氨基酸的531个物理化学性质参数表征hla-a*0201限制性表位9肽,从531×9个初始描述子出发,经二元矩阵重排过滤器粗筛和多轮末尾淘汰精细筛选,获得18个物理化学意义明确的保留描述子.18个保留描述子主要涉及除1位、5位外各位置残基的疏水性和空间结构特征,3位残基疏水性对活性影响最大,且2位、4位、9位残基共占10个保留描述子,支持2位和9位残基为锚点、3位为关键位点以及4位残基为标志链的现有认知.对18个保留描述子以支持向量回归构建定量序效模型,其拟合、留一法交叉验证决定系数r2、qcv2分别为0.957、0.708;独立预测决定系数及均方根误差qext2、rmseext分别为0.818、0.366,明显优于文献报道.通过对全组合虚拟9肽的预测,得到了多条预测活性高于已知表位肽的9肽,可供实验验证.较全面阐明了特定位置残基对多肽亲和性的影响规律,为高活性多肽疫苗分子设计提供了切实指导.
%K 抗原肽
%K 定量序效模型
%K 高维特征
%K 支持向量回归
%K 多肽疫苗
%U http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract28515.shtml