%0 Journal Article
%T 蒺藜苜蓿wrky转录因子密码子使用偏好性分析
%A 宋辉
%A 王鹏飞
%A 马登超
%A 夏晗
%A 赵传志
%A 张烨
%A 赵术珍
%J 农业生物技术学报
%P 151-160
%D 2015
%X ？密码子使用偏好性普遍存在于各种生物中，但突变和自然选择压力对每种生物密码子使用偏好性不同。wrky基因家族是一类只存在于植物的转录因子，主要参与植物体内转录调控和信号转导过程。本研究以蒺藜苜蓿(medicagotruncatula)wrky转录因子(mtwrky)为研究对象，揭示mtwrky基因密码子使用偏好性形成的主要因素，并筛选最优密码子。研究结果表明，代表mtwrky基因的点均分布在有效密码子数(effectivenumberofcodons,enc)标准曲线以下，表明密码子受自然选择压力或突变选择压力或其他因素影响；密码子第1、2位平均gc含量(gc12)与密码子第3位gc含量(gc3)相关性分析发现，gc12与gc3呈显著正相关(r=0.34,p＜0.01)，表明突变压力导致密码子3个位点具有相似的gc含量；gc3s值分布在0.2~0.5之间，表明密码子使用偏好性主要受突变压力影响。奇偶偏好分析表明，mtwrky基因第3位密码子ct含量＞ag含量。g和c(或者a和t)不成比例分布在密码子第3位上，表明密码子使用偏好性受到自然选择压力影响，但很可能突变压力仍起主要作用。最优密码子使用频率(frequencyofoptimalcodons,fop)与gc含量以及序列长度相关性分析发现，fop与外显子gc含量呈显著正相关(r=0.57,p＜0.01)，而与内含子gc含量呈较弱正相关(r=0.09,p＞0.05)；fop与外显子序列的长度呈正相关(r=0.28,p＜0.05)，而与内含子长度呈负相关(r=-0.01,p＞0.05)。表明mtwrky基因外显子和内含子序列的形成受不同选择压力影响；外显子密码子使用偏好性受突变压力影响，而内含子可能是由于自然选择压力作用于突变选择形成的。确定了4个以g或c结尾的最优密码子。研究结果为wrky转基因研究过程中密码子优化提供了理论支持。
%K 蒺藜苜蓿
%K wrky
%K 突变选择压力
%K 自然选择压力
%K 密码子偏好性
%U http://www.jabiotech.org.cn/CN/abstract/abstract10235.shtml