%0 Journal Article
%T 基于高通量测序的辽东栎转录组学研究
%A 刘玉林
%A 李伟
%A 张志翔
%J 生物技术通报
%P 119-124
%D 2014
%X 应用IlluminaSolexaHiseq2000高通量测序技术对辽东栎的芽、花、叶及果实的混合样品进行转录组测序,结果共获得3.8Gb的有效数据。应用Trinity软件对有效序列从头拼接去重复后,共获得95800条unigene,总长度为73.57Mb,最大长度、平均长度和N50分别为11284bp、768bp和1373bp。利用Blastx与公共数据库Nr和Swiss-Prot的同源性比较（E值<1×10-5）发现,38163条unigene未发现与公共数据库中的序列具有同源性。通过KEGG数据库中参与淀粉合成与代谢的pathway分析,共发掘出67条参与淀粉合成的unigene,编码9个关键酶。此外,在13380条unigene中共搜索到15901个SSR位点,其中二核苷酸和三核苷酸的重复类型占所有SSR位点的98.16%。
%K 辽东栎
%K IlluminaSolexa
%K 转录组
%K 淀粉
%K SSR
%U http://biotech.caas.cn/CN/abstract/abstract10317.shtml