%0 Journal Article
%T 甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛EST资源的SSR信息分析
%A 贾赵东
%A 马佩勇
%A 郭小丁
%A 谢一芝
%J 华北农学报
%P 27-32
%D 2012
%R 10.3969/j.issn.1000-7091.2012.z1.006
%X 利用生物信息学方法对NCBI公共数据库的1458条三浅裂野牵牛ESTs序列进行EST-SSRs信息特征分析。结果显示，剔除低质量的和冗余的序列后，得到总长度为334.368kb无冗余序列868条。这些无冗余序列中有35个微卫星简单重复序列(Simplesequencerepeat，SSR)，分布于35条EST中，出现频率为4.03%，平均分布距离为9.55kb。在2～6核苷酸的重复类型中，二、三核苷酸SSR之和占总EST-SSR的68.57%，其中三核苷酸SSR占总SSR数量的45.71%。在所有重复单元中，所占比例最高的是AT/AT(14.29%)，其次是TCT/AGA为11.43%，TAA/TTA为8.57%列第3位。在所有的SSR中，EST-SSRs重复次数5次的有13个，占全部SSR的37.14%，其次是重复次数为4次和7次，各有5个，占全部SSR的14.29%。结果说明，甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛的EST-SSR出现频率较高、类型丰富、具有一定的研究利用价值。
%K 三浅裂野牵牛
%K 生物信息学
%K EST
%K SSR
%U http://www.hbnxb.net/CN/abstract/abstract7568.shtml