%0 Journal Article
%T 戊烷与颗粒型甲烷单加氧酶的相互作用研究
%A 唐典勇
%A 刘嵬
%A 胡建平
%A 孙国峰
%A 张元勤
%A 常珊
%J 化学学报
%P 2939-2946
%D 2011
%R 10.6023/A1102282
%X 颗粒型甲烷单加氧酶(Particulatemethanemonooxygenase,PMMO)是一个与细胞膜结合的金属酶,能将烷烃生物催化为醇.研究PMMO与烷烃的结合模式及催化机制将有利于设计合成一个新的模拟酶,进而有效地利用烷烃作为新能源.用分子对接方法获得了PMMO单体与一系列烷烃的结合模式,并对PMMO单体和PMMO-戊烷复合物进行了6ns的分子动力学模拟,最后对复合物进行了构象成簇及结合能分析.结果表明,戊烷结合到靠近Zn2＋的疏水口袋中,该口袋由pmoA亚基的M45～W60和R190～T193以及pmoC亚基的Q161三个片段组成.动力学结果表明,与PMMO单体比,PMMO-戊烷复合物保持着相近的运动模式,但幅度更明显,另外,戊烷在疏水口袋中的大幅度运动对于PMMO发挥催化作用是必须的.结合能计算揭示疏水相互作用是戊烷与PMMO稳定识别的主要驱动力,所有模拟结果与实验数据吻合较好.
%K 颗粒型甲烷单加氧酶
%K 戊烷
%K 分子对接
%K 分子动力学
%K 相互作用
%U http://sioc-journal.cn/CN/abstract/abstract340861.shtml