%0 Journal Article
%T 分子动力学研究2-乙酸苯并噻吩在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用
%A 孟现美
%A 王加磊
%A 张少龙
%A 张庆刚
%J 化学学报
%P 1167-1174
%D 2013
%R 10.6023/A13030327
%X 为了研究别构小分子2-乙酸苯并噻吩(2FX)在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用,利用分子动力学方法分别对未结合和结合2FX的HIV-1蛋白酶抑制剂体系进行了100ns的模拟,模拟计算中对每种体系均采用两种新的分子力场ff99SBildn和ff12SB.研究了2FX对体系构象的影响和两体系在不同力场下的动力学行为,分析了两体系的均方根偏差和残基的B因子,比较了计算结构和晶体结构,最后采用MM-PB/GBSA两种方法计算了两体系的结合自由能.研究表明,两种力场计算的结果虽有差异,但都说明2FX的结合导致蛋白酶构象的变化,使得体系更加稳定,尤其是flap的柔性减弱,使得蛋白酶和抑制剂的结合更牢固;另外,还发现ff12SB力场动力学过程更稳定.研究结果有助于为设计新的别构抑制剂提供理论依据.
%K HIV-I蛋白酶
%K 抑制剂
%K 分子动力学模拟
%K MM-PB/GBSA方法
%K 别构抑制剂
%U http://sioc-journal.cn/CN/abstract/abstract342157.shtml