%0 Journal Article
%T 南方红豆杉转录组ssr挖掘及分子标记的研究
%A 李炎林
%A 杨星星
%A 张家银
%A 黄三文
%A 熊兴耀
%J 园艺学报
%P 735-745
%D 2014
%X 利用trinity软件对ncbi公共数据库中公布的南方红豆杉（taxuschinensisvar.mairei）根、茎和叶的转录数据进行转录组的重新拼接。通过对13737528条序列组装得到96279条unigenes（38mb），通过ssr检测程序从96279条unigenes中得到2160个ssr位点（2.24%），其平均发生率为1/18.01kb，基序长度为14~25bp之间。优势重复基序为六核苷酸和三核苷酸，分别占总ssr位点的38.56%和37.08%。2160个ssr位点由703种重复基序构成，其中六核苷酸占60.96%，主要分布在3~4重复；二、三核苷酸占总ssr位点的44.81%，其中以（ag/ct）n、（at/at）n、（aag/ctt）n、（agc/ctg）n、（agg/cct）n和（atc/atg）n重复基序最为丰富，合占总ssr重复类型的34.73%，并出现少量的（cg/cg）n和（ccg/cgg）n重复。通过l9（34）正交试验得到最优的ssr-pcr体系，10μlpcr体系中含dna20ng，1×pcr缓冲液，mgcl220mmol，dntps0.35mmol，引物0.25μmol，taq酶0.45u。随机挑选62对ssr引物进行8个南方红豆杉株系的ssr扩增，有效扩增率为53.23%，多态性比率为38.71%。这些多态性转录组ssr引物的开发为红豆杉遗传多样性的分析、分子标记辅助育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供了更丰富的标记。
%K 红豆杉
%K 转录本
%K 引物
%K ssr
%U http://www.ahs.ac.cn/CN/abstract/abstract4399.shtml