%0 Journal Article
%T 雷蒙德氏棉和亚洲棉SSR重复序列类型和丰度差异比较
%A 董薇
%A 杜雄明
%A 赖童飞
%J 棉花学报
%P 418-424
%D 2008
%R 7807-1002-(2008)06-0418-07
%X 利用生物信息学相关方法对NCBI数据库中39277条亚洲棉（GossypiumarboretumL.）及63588条雷蒙德氏棉（GossypiumraimondiiL.）的EST序列共计64.08Mb（约相当于基因组的6.02％）分别进行拼接，比较分析了两棉种简单重复序列的重复类型及丰度差异。结果表明拼接后的一致性序列中，亚洲棉比雷蒙德氏棉存在较高比例的单条序列簇；亚洲棉一至六碱基6种重复类型的SSR间隔距离分别比雷蒙德氏棉的大；亚洲棉中二到六碱基等5种重复类型的比例高于雷蒙德氏棉，但单碱基重复类型比例低于雷蒙德氏棉；两棉种的单碱基、四碱基和六碱基重复类型的优势重复基序和丰度也不同。因此，认为利用四、五、六碱基三种重复类型设计的SSR引物可以有效地鉴定亚洲棉和雷蒙德氏棉的基因组差异。对四倍体棉种的A、D亚组供体棉种中SSR的差异分析，为SSR标记开发、棉种起源和进化的深入研究提供更多有用的信息。
%K 雷蒙德氏棉
%K 亚洲棉
%K EST拼接
%K SSR丰度
%U http://journal.cricaas.com.cn:8083/Jweb_mhxb/CN/Y2008/V20/I6/418