%0 Journal Article
%T Caracterizaci車n de cepas cubanas de VIH-1 por ensayos biol車gicos y m谷todos bioinform芍ticos Characterization of Cuban strains of HIV-1 by bioassays and bio-information methods
%A Leonor Lobaina Barthelemy
%A Liuber Yans Machado Zald赤var
%A Enrique Noa Romero
%A Madeline Blanco de Armas
%J Revista Cubana de Investigaciones Biomˋˋdicas
%D 2010
%I ECIMED
%X Mediante ensayos biol車gicos cl芍sicos se ha podido determinar el uso del correceptor por las cepas de VIH-1, las cuales se han clasificado en R5, X4 o R5/X4, caracter赤sticas que guardan relaci車n con el fenotipo NIS o IS y con la evoluci車n cl赤nica. Por m谷todos bioinform芍ticos se han relacionado cambios aminoac赤dicos en la regi車n del lazo V3 del env con el uso del correceptor. En este trabajo se presentan los resultados del estudio de caracterizaci車n de once cepas provenientes de individuos infectados con VIH-1, cinco de ellos seropositivos asintom芍ticos y seis progresores r芍pidos al SIDA. Se compararon los resultados del estudio fenot赤pico realizado por dos ensayos biol車gicos cl芍sicos, uso de correceptores y capacidad de inducir sincicios en MT2 y tres m谷todos bioinform芍ticos, regla 11/25, matrices de puntos en posiciones espec赤ficas (PSSM) y el programa geno2pheno. Las cinco cepas de seropositivos asintom芍ticos coincidieron por todos los m谷todos como R5/NIS. Cinco de las seis cepas de progresores r芍pidos se clasificaron R5/X4 e IS por los ensayos biol車gicos; mientras dos clasificaron R5/X4 por Geno 2 Pheno, una por PSSM y todas fueron X4 puras por la regla 11/25. Los ensayos utilizados en el estudio permitieron caracterizar las cepas aisladas y relacionar el fenotipo con la evoluci車n de la infecci車n, por lo que valoramos que por ensayos biol車gicos o m谷todos bioinform芍ticas se pueden hacer estudios de caracterizaci車n, su utilidad est芍 en dependencia del objetivo que se persiga. By the classic biological assays it has been possible to determine the use of HIV-1 strains co-receptor, which have been classified in R5, X4 or R5/X4, characteristic related to the NIS or IS phenotype and to the clinical course. By bio-information methods the amino acid changes in the region of V3 loop of the env using the co-receptor. In present paper are showed the results of a characterization study of eleven strains from HIV-1 infected subjects, five seropositive and six with a fast progression to AIDS. Authors compared the results of phenotype study conducted by two classic assays, use of co-receptors and ability to induce syncytia in MT2 and three bio-information methods, rule 11/25, point matrices in specific locations (PSSM) and the geno2pheno program. The five strains from asymptomatic seropositive patients coincided according all methods used as R5/NIS. Five of the six strains from fast progression patients were classified as R5/X4 and IS by biological assays; whereas two were classified as R5/X4 by Geno 2 Pheno, one by PSSM and all were pure X4 by the rule 11/25. The as
%K VIH
%K Fenotipo viral
%K correceptores
%K ensayos biol車gicos
%K herramientas bioinform芍ticas
%K HIV
%K viral phenotype
%K co-receptors
%K biological assays
%K bio-information tools
%U http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0864-03002010000300002