%0 Journal Article
%T Caracterizaci車n molecular y bioinform芍tica de la prote赤na CagA de Helicobacter pylori a partir de biopsias g芍stricas de pacientes colombianos Molecular and bioinformatic characterization of Helicobacter pylori CagA protein using gastric biopsies of Colombian patients
%A Paula Nicole Acosta Amador
%A Mar赤a del Pilar Delgado
%A Mar赤a Camila Montealegre Ortiz
%A Mar赤a Magdalena Echeverry de Polanco
%J Revista Colombiana de Gastroenterologia
%D 2009
%I Asociaci車n Colombiana de Gastroenterolog赤a
%X El gen cagA de Helicobacter pylori codifica para la prote赤na CagA considerada uno de los factores de virulencia cuya presencia se asocia a un mayor riesgo de padecer enfermedades g芍stricas severas. El presente estudio plante車 como objetivo el dise o de una estrategia molecular y bioinform芍tica 迆til en la determinaci車n de la presencia de secuencias repetitivas que pueden contener uno o m芍s motivos de fosforilaci車n (EPIYA). Se amplific車 y secuenci車 la regi車n variable de cagA en muestras H. pylori CagA positivas. Se realiz車 una b迆squeda y selecci車n de herramientas bioinform芍ticas que permitieran establecer las caracter赤sticas de los motivos EPIYA. La presencia de motivos tipo EPIYA-A y EPIYA-B, seguido por una a dos repeticiones de EPIYA-C, similares a los reportados para pa赤ses de Occidente, fueron encontrados. De las aplicaciones bioinform芍ticas evaluadas, solo un conjunto de herramientas demostr車 ser 迆til en la caracterizaci車n de las unidades de repetici車n en la prote赤na CagA. Helicobacter pylori CagA protein, the cagA gen product, has been considered as a virulence factor associated with a considerable increase risk for develops severe gastric illness. The purpose of this research was to design a molecular and bioinformatics strategy that allowed the establishment of phosphorylation status of the tyrosine residue of the CagA protein. The amplification and sequencing of the variable fragment region of cagA in the positive CagA samples were used to do the bioinformatics analysis in order to establish the characteristics of the EPIYA motifs. The presence of the EPIYA-A and EPIYA-B motifs, followed by one or two EPIYA-C repetitions, similar to those reported previously for occidental countries were set up. From the different bioinformatics applications that were employed only one group of tools proved to be useful to characterize the repeated units presents in the CagA protein.
%K Helicobacter pylori
%K prote赤na CagA
%K secuenciaci車n
%K estrategia bioinform芍tica
%K motivos de fosforilaci車n
%K Helicobacter pylori
%K CagA protein
%K sequencing
%K bioinformatics strategy
%K phosphorylation motifs
%U http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-99572009000400005