%0 Journal Article
%T 雷蒙德氏棉EST-SSRs分布特征及开发与利用
%A 王长彪
%A 郭旺珍
%A 蔡彩平
%A 张天真
%J 科学通报
%D 2006
%I 
%X 微卫星或简单重复序列（simple sequence repeats，SSR）存在于表达序列标签（expressed sequence tags，ESTs）中．为了在棉花中开发EST—SSR功能性标记，利用生物信息学方法对NCBI网上公开的63485条雷蒙德氏棉（Gossypium raimondii Ulbrich）ESTs序列进行EST-SSRs特征分析．剔除冗余序列，得到非冗余序列58906条．在非冗余序列中发现含不同重复基元SSRs的EST序列有2620条，共2818个EST-SSRs，EST-SSRs序列的频率是4．45％，平均相隔14．8kb出现一个SSR．在1～6bp的重复基元中，三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高（38．31％），其次是二核苷酸（24．09％）、单核苷酸（23.35％）．对所有的重复基元类型进行统计分析发现，所占比例最大的是A/T（18．67％），其次是AT／TA（14．83％）．在复合型（compound）中发现三核苷酸串联三核苷酸的重复基元出现频率最高，为48．65％．利用Prime3软件，设计了1554对EST-SSRs引物，随机选用300对对本室四倍体作图亲本陆地棉TM-1和海岛棉海7124进行多态性检测，其中129对有多态性，多态性频率为43％．这些EST-SSRs将有效用于不同棉种间的分布特征比较及染色体定位等方面研究．
%K 雷蒙德氏棉
%K EST-SSRs
%K 分布
%K 分子标记
%K 多态性
%U http://www.alljournals.cn/get_abstract_url.aspx?pcid=01BA20E8BA813E1908F3698710BBFEFEE816345F465FEBA5&cid=7C7E63796F062382A606A3A9833B8C05&jid=B40D4BA57FF46E45205A09B4DC283152&aid=E1C6A7F5DD85A20B&yid=37904DC365DD7266&vid=987EDA49D8A7A635&iid=38B194292C032A66&sid=EC34D52BE81085CE&eid=CA9ED1AB4D9E3E04&journal_id=0023-074X&journal_name=科学通报&referenced_num=8&reference_num=26