%0 Journal Article
%T Prediction and Analysis of CpG Islands in the Human Genome<br>人类全基因组范围的CpG岛的预测与分析
%A ZHUANG Hai-bin
%A ZHU Jing-de
%A LIU Xiang-jun
%A <br>庄海滨
%A 朱景德
%A 刘湘军
%J 生物物理学报
%D 2006
%I 
%X CpG岛的甲基化是表观遗传中基因表达调控的重要机制。虽然目前已存在几个从DNA序列判别CpG岛的标准,但如何在标准中选择合适的参数仍是研究的焦点。文章通过分析比较两种经典CpG岛判定标准与三种预测方法,提出了改进的CpG岛预测方法——CpGISeeker。应用该预测方法,结合判定标准中的三个基本参数组合出的13组组合参数,在人类全基因组范围内进行了CpG岛预测,并统计分析了CpG岛的重复序列组成以及相对于基因转录起始位点的位置分布情况。分析结果表明CpGISeeker具有更精确判定CpG岛的特性;同时还提示,随着判定标准严格性的增加,CpG岛的重复序列含量降低,与基因转录起始位点的相关性提高。将CpG岛最小尺寸为500bp、GC含量为60%、CpG出现率达到0.65的组合参数作为标准,是目前预测CpG岛的最佳方式。
%K CpG island
%K Methylation
%K Epigenetics<br>CpG岛
%K 甲基化
%K 表观遗传学
%U http://www.alljournals.cn/get_abstract_url.aspx?pcid=90BA3D13E7F3BC869AC96FB3DA594E3FE34FBF7B8BC0E591&jid=E0C9D9BBED813D6674AC13E942EAC86D&aid=FCAE1137F9E8B1B3&yid=37904DC365DD7266&vid=BC12EA701C895178&iid=94C357A881DFC066&sid=381FB4265090A8E0&eid=3356A7630A93A219&journal_id=1000-6737&journal_name=生物物理学报&referenced_num=1&reference_num=10