%0 Journal Article
%T The comparison of the yeast ncRNA and mRNA based on k-tuple combinations<br>基于k-tuple组合的酵母ncRNA与mRNA的比较研究
%A LI Hua
%A YING Xiao-min
%A ZHA Lci
%A LI Wu-ju
%A <br>李华
%A 应晓敏
%A 查磊
%A 李伍举
%J 生物物理学报
%D 2006
%I 
%X ncRNA和mRNA一样,都是重要的功能分子。以k-tuple(k字)含量为特征,对酵母ncRNA成熟序列和mRNA的编码区、上游序列与下游序列进行了分类与比较研究,结果显示:基于ncRNA成熟序列与mRNA编码区的3-tuple的含量,ncRNA和mRNA的交叉有效性分类精度(leave-one out cross-validation,LOOCV)平均值达到93.93%;基于上游序列4-tuple和5-tuple的含量,分类精度分别为92.49%和92.76%;基于下游序列4-tuple和5-tuple的含量,分类精度分别为91.58%和90.60%;利用上游序列和下游序列的4-tuple与5-tuple的含量,其平均分类精度分别为94.68%和94.83%;通过t检验,得到了在ncRNA和mRNA上、下游序列中具有显著统计学差异的k-tuple。上述结果表明,基于ncRNA成熟序列与mRNA编码区的3-tuple含量和基于ncRNA与mRNA上、下游序列的4或5-tuple含量可以有效地区分ncRNA与mRNA。此研究结果不仅有助于准确识别ncRNA与mRNA,还有助于发现ncRNA特异的转录因子结合位点。
%K Yeast
%K ncRNA
%K k-tuple content
%K Classification<br>酵母
%K 非编码RNA
%K k字含量
%K 分类
%U http://www.alljournals.cn/get_abstract_url.aspx?pcid=90BA3D13E7F3BC869AC96FB3DA594E3FE34FBF7B8BC0E591&jid=E0C9D9BBED813D6674AC13E942EAC86D&aid=2C217AA426FF98F2&yid=37904DC365DD7266&vid=BC12EA701C895178&iid=0B39A22176CE99FB&sid=4DB1E72614E68564&eid=8477411EEDB08A86&journal_id=1000-6737&journal_name=生物物理学报&referenced_num=0&reference_num=23