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Aplicación del análisis de rango reescalado R/S para la predicción de genes en el genoma vegetal
Almanza Pinzón,Martha Isabel; López López,Karina; Téllez Villa,Carlos Eduardo;
Acta Agronómica , 2010,
Abstract: currently gene's prediction problem is one of the main genomic challenges. prediction allows performing experiments with high probability of interesting genes to be found and compare dna regions of agronomic importance among genomes; besides, it helps to restrict the searching spaces into the data bases. a statistical procedure based on the r/s analysis and the hurst coefficient was developed in order to characterize and predict genes and their structural components (exones and intrones) in the whole eukaryotic genomes of arabidopsis thaliana, oriza sativa and mus musculus. python programming language algorithms were developed with the purpose of extract, screen and modeling more than 80% of the registered gene sequences for these genomes in the ncbi gene bank data base. the r/s analysis allows to demonstrate that a structural order do exist in the distribution of the nucleotides which are constituting sequences with the memory or long range dependence phenomena predominance. the memory structure varies according to the sequences type and the species genome. the genes and exones sequences from the analyzed plant genomes showed a persistent behavior whereas those from the intrones had an anti-persistent behavior, in comparison with animal genome in which the three type of sequences showed persistent behavior. according to r/s analysis out coming parameters the genome sequences distribution pattern was replicated in a statistically similar manner in each chromosome belonging to one species, constituting fundamental evidences of invariance by scale change; it means each chromosome by itself is a statistical replication to a minor scale of the whole genome. the parameters constituted compact criteria in order to derivate sequences predictors (classifiers) which reached sensibility and specificity averages higher than 81% and 70% respectively. this procedure could be tried in other genomes and be used as a criterion in order to increasing selection efficiency in plant ge
Aplicación del análisis de rango reescalado R/S para la predicción de genes en el genoma vegetal
Almanza Pinzón Martha Isabel,López López Karina,Téllez Villa Carlos Eduardo
Acta Agronómica , 2010,
Abstract: La predicción de genes es en la actualidad uno de los principales desafíos de la genómica. La predicción permite realizar experimentos con alta probabilidad de encontrar genes de interés y comparar regiones de ADN de importancia agronómica entre genomas; además, ayuda a restringir los espacios de búsqueda en las bases de datos. Un procedimiento estadístico con base en el análisis R/S y el coeficiente de Hurst fue desarrollado para caracterizar y predecir genes y los componentes estructurales de estos (exones e intrones) en los genomas eucariotas completos de Arabidopsis thaliana, Oriza sativa y Mus musculus. Algoritmos en lenguaje de programación Python fueron desarrollados para extraer, filtrar y modelar más del 80% de las secuencias de genes registradas para estos genomas en la base de datos del GeneBank del NCBI. El análisis R/S permitió demostrar que existe un orden estructural en la distribución de los nucleótidos que constituyen las secuencias en las que predominan los fenómenos de memoria o dependencia de largo alcance. La estructura de memoria varía según el tipo de secuencias y el genoma de la especie. Las secuencias de los genes y exones de los genomas vegetales analizados presentaron comportamiento persistente mientras que las de los intrones tuvieron un comportamiento antipersistente, en comparación, al genoma animal en el cual los tres tipos de secuencias presentaron comportamiento persistente. De acuerdo con los parámetros provenientes del análisis R/S, el patrón de distribución de las secuencias del genoma se repitió de manera estadísticamente similar en cada uno de los cromosomas que pertenecen a una especie, constituyéndose en evidencias fundamentales de invarianza por cambio de escala; es decir, cada cromosoma por sí solo es una réplica estadística a menor escala del genoma completo. Los parámetros constituyeron criterios compactos para derivar predictores (clasificadores) de secuencias que alcanzaron promedios de sensibilidad y especificidad mayor del 81% y 70%, respectivamente. Este procedimiento podría ser probado en otros genomas y utilizado como criterio para incrementar la eficiencia de la selección en los programas de mejoramiento genético vegetal.
Rese a de "Tráfico, cativeiro e liberdade. Rio de Janeiro, séculos XVII-XIX" de Manolo Florentino (org.)
Carlos Eduardo Valencia Villa
Fronteras de la Historia , 2006,
Abstract:
La esclavitud como indicador del desempe o económico neogranadino en el siglo XVII
Carlos Eduardo Valencia Villa
Fronteras de la Historia , 2001,
Abstract: Este artículo analiza la correlación existente entre la fuerza de trabajo esclava y el desempe o económico de la Nueva Granada durante el siglo XVII, proponiendo un método para estudiar el comportamiento general de la economía colonial. El modelo de interpretación se sustenta en tres elementos principales. Se propone una expresión analítica alternativa del PIB, más simple de la usada comúnmente por los economistas; se hace una relación entre la economía y el número total de esclavos, como primera variable de correlación y, por último, se expone la vinculación entre el comportamiento de los precios de los esclavos y el desempe o económico general.
Rese a de "Esclavitud, región y ciudad: El sistema esclavista urbanoregional en Santafé de Bogotá, 1700-1750" de Rafael Antonio Díaz Díaz
Carlos Eduardo Valencia Villa
Fronteras de la Historia , 2002,
Abstract:
La libertad como un fenómeno financiero entre los esclavos de Río de Janeiro a mediados del siglo XIX
Carlos Eduardo Valencia Villa
Fronteras de la Historia , 2008,
Abstract: Este artículo indaga las variables financieras y las relaciones entre ellas que contribuyen a explicar la manumisión que era comprada por los cautivos en Río de Janeiro a mediados del siglo XIX. En particular, analiza el precio de manumisión, el acceso a la moneda por parte de los esclavos y la rentabilidad de la libertad para comprender cómo su relación infl uyó en la cantidad de individuos que se liberaron. La conclusión es que el precio de manumisión tenía un papel menos destacado que las otras dos variables. La rentabilidad de la libertad infl uía en las tendencias de la manumisión mientras que el acceso a la moneda intervenía en la generación de los ciclos dentro de esas tendencias.
Soulodre-La France, Renée. Región e imperio. El Tolima Grande y las reformas borbónicas en el siglo XVIII. Bogotá: Instituto Colombiano de Antropología e Historia, 2004. 239 páginas.
Valencia Villa Carlos Eduardo
Anuario Colombiano de Historia Social y de la Cultura , 2005,
Abstract:
Current and Future Niche of North and Central American Sand Flies (Diptera: Psychodidae) in Climate Change Scenarios
David Moo-Llanes,Carlos N. Ibarra-Cerde?a,Eduardo A. Rebollar-Téllez,Sergio Ibá?ez-Bernal,Camila González,Janine M. Ramsey
PLOS Neglected Tropical Diseases , 2013, DOI: 10.1371/journal.pntd.0002421
Abstract: Ecological niche models are useful tools to infer potential spatial and temporal distributions in vector species and to measure epidemiological risk for infectious diseases such as the Leishmaniases. The ecological niche of 28 North and Central American sand fly species, including those with epidemiological relevance, can be used to analyze the vector's ecology and its association with transmission risk, and plan integrated regional vector surveillance and control programs. In this study, we model the environmental requirements of the principal North and Central American phlebotomine species and analyze three niche characteristics over future climate change scenarios: i) potential change in niche breadth, ii) direction and magnitude of niche centroid shifts, iii) shifts in elevation range. Niche identity between confirmed or incriminated Leishmania vector sand flies in Mexico, and human cases were analyzed. Niche models were constructed using sand fly occurrence datapoints from Canada, USA, Mexico, Guatemala and Belize. Nine non-correlated bioclimatic and four topographic data layers were used as niche components using GARP in OpenModeller. Both B2 and A2 climate change scenarios were used with two general circulation models for each scenario (CSIRO and HadCM3), for 2020, 2050 and 2080. There was an increase in niche breadth to 2080 in both scenarios for all species with the exception of Lutzomyia vexator. The principal direction of niche centroid displacement was to the northwest (64%), while the elevation range decreased greatest for tropical, and least for broad-range species. Lutzomyia cruciata is the only epidemiologically important species with high niche identity with that of Leishmania spp. in Mexico. Continued landscape modification in future climate change will provide an increased opportunity for the geographic expansion of NCA sand flys' ENM and human exposure to vectors of Leishmaniases.
Rese a de "Surgimiento y evolución de los partidos políticos en Chile, 857-2003" de Jaime Etchepare Jensen
Eduardo Téllez Lúgaro
Atenea , 2007,
Abstract:
Bernardo O'Higgins: Retrospectiva Histórica y Herencia del Padre de la Patria
Eduardo Téllez Lúgaro
Cuadernos de historia , 2011,
Abstract:
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