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Aplicación de un trabajo práctico autoguiado para la formación en el uso de herramientas bioinformáticas de alumnos de pregrado en Bioquímica Clínica
Cariaga Martínez,Ariel Ernesto; Darío Zapata,Pedro;
Educación Médica , 2006, DOI: 10.4321/S1575-18132006000500002
Abstract: the great scientific and technological advances of recent decades have brought biological investigation into the postgenomic age. the ready availability of crucial information for the development of new projects has caused a paradigm shift in biological investigation, in which a solid training in bioinformatics is now a basic requirement. this study presents the results of the incorporation of a self-guided practical program to introduce students of clinical biochemistry to the use of bioinformatic resources. the activities comprised genomic, transcriptomic and proteomic analysis of a gene with biomedical implications. the design of specific primers for the amplification of a fragment of the gene was proposed as a technological application. the rasmol program, version 2.7.2 (" by herbert bernstein 1998-2000) was used to analyses biological functions. in groups of three or four, students studying cellular and molecular biology as part of their degree in biochemistry at the national university of misiones were asked to provide concrete answers to questions using bioinformatic analysis. the results showed that 100% of the students were able to answer all the questions. however, a wider-ranging treatment of molecular visualization programs is needed for future applications.
Normalización de un sistema de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para la cuantificación de papilomavirus humano de alto riesgo oncogénico
Yudira Soto,Vivian Kourí,Pedro Ariel Martínez,Consuelo Correa
Vaccimonitor , 2012,
Abstract: El objetivo de este trabajo fue normalizar e implementar un sistema de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real, para determinar la carga viral de 7 genotipos de papilomavirus humano (PVH) de alto riesgo oncogénico. Se evaluó la especificidad del sistema y se construyeron las curvas estándar para PVH 16 y 18, quese emplearon para la cuantificación de ADN viral en diferentes muestras de pacientes identificados como positivos a PVH, mediante reacción en cadena de la polimerasa (RCP) cualitativa y secuenciación nucleotídica. Se obtuvieron dos curvas estándar para PVH 16 y 18, a partir del ADN genómico de las líneas celulares SiHa y HeLa, las que mostraron una buena correlación lineal (r= -0,99) y valores bajos de error. El límite inferior de detección a partirdel ADN de las líneas celulares fue de hasta 10 copias para ambos genotipos. No se obtuvo reacción cruzada entre los diferentes tipos de PVH ni con otros virus ADN. La reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real RCP-TR) normalizada probó ser un sistema simple, rápido, específico y altamente sensible. Además, permitirádesarrollar investigaciones sobre la prevalencia de infección por PVH en Cuba, con vistas a la aplicación de las vacunas que se encuentran disponibles en el mercado internacional, así como la evaluación de otros candidatos vacunales dise ados en el futuro.
Aplicación de un trabajo práctico autoguiado para la formación en el uso de herramientas bioinformáticas de alumnos de pregrado en Bioquímica Clínica Self-guided training program in the use of bioinformatic tools for undergraduate students of clinical biochemistry
Ariel Ernesto Cariaga Martínez,Pedro Darío Zapata
Educación Médica , 2006,
Abstract: Durante las últimas décadas el gran avance científico y tecnológico llevó a la investigación biológica a las puertas de la era postgenómica. La disponibilidad de información crucial para el desarrollo de nuevos proyectos ha provocado un cambio de paradigma en la investigación biológica demandándole profesionales que cuenten con formación en Bioinformática. En este trabajo se muestran los resultados de la incorporación de un trabajo práctico autoguiado para introducir a alumnos que estudien Bioquímica al uso de recursos bioinformáticos aplicándolos a un ejemplo concreto. Las actividades consisten en la realización de un análisis genómico, transcriptómico y proteómico de un gen con implicaciones biomédicas. Además se plantea como aplicación tecnológica el dise o de cebadores específicos para la amplificación de un fragmento del gen. Como último punto se propone analizar la función biológica mediante el programa de visualización molecular RasMol versión 2.7.2 ("por Herbert Bernstein 1998-2000). La metodología incluye grupos de 3-4 alumnos que cursan Biología Celular y Molecular de la Carrera de Bioquímica de la Universidad Nacional de Misiones, solicitándoseles respuestas concretas que se obtienen a través del análisis bioinformático. Los resultados de la aplicación del trabajo práctico autoguiado demuestran que el 100% de los alumnos fueron capaces de responder las consignas. Sin embargo se necesita mayor manejo de programas de visualización molecular para futuras aplicaciones. The great scientific and technological advances of recent decades have brought biological investigation into the postgenomic age. The ready availability of crucial information for the development of new projects has caused a paradigm shift in biological investigation, in which a solid training in bioinformatics is now a basic requirement. This study presents the results of the incorporation of a self-guided practical program to introduce students of clinical biochemistry to the use of bioinformatic resources. The activities comprised genomic, transcriptomic and proteomic analysis of a gene with biomedical implications. The design of specific primers for the amplification of a fragment of the gene was proposed as a technological application. The RasMol program, version 2.7.2 (" by Herbert Bernstein 1998-2000) was used to analyses biological functions. In groups of three or four, students studying cellular and molecular biology as part of their degree in biochemistry at the National University of Misiones were asked to provide concrete answers to questions using bioinformatic analysi
The Role of Human Herpesvirus 8 Molecular Characterization in the Management of HIV Infected Patients Diagnosed with Malignancies Associated with Its Infection  [PDF]
Martínez Pedro Ariel, Kourí Vivian, Blanco Orestes, Capó Virginia, Abad Yoandra, Alemán Yoan, Verdasquera Denis, Jiménez Narciso, Caballero Iraida, Fleites Gilberto, Ugarte Yaumara, Calderón Odalys, álvarez Alina, Ulrich Hengge
World Journal of AIDS (WJA) , 2013, DOI: 10.4236/wja.2013.33030
Abstract:

Despite the progress has been reached with Human herpesvirus 8 (HHV-8) research, there are gaps in the knowledge of viral induced oncogenesis. The aim of the present study was to identify possible associations between HHV-8 subtypes, HHV-8 loads and clinical manifestations of HIV infected patients diagnosed with different malignancies associated with HHV-8 infection. Forty six HIV-1 infected individuals diagnosed with different HHV-8 associated diseases were studied [37 epidemic Kaposis sarcoma (KS), 3 pleural effusion lymphoma (PEL); 5 peripheral lymphadenopathies (PL); 1 Hodgkin’s lymphoma (HL); 1 non Hodgkin’s lymphoma (NHL)]. HHV-8 loads were determined by quantitative real time PCR (qRT-PCR) whilst HHV-8 subtypes were determined by open-reading frame (ORF)-K1 gen genotyping. HHV-8 subtypes B, A, C, A5 and E were exhibited by 31.8%, 23.4%, 19.1%, 17% and 8.5% of the studied patients, respectively. The median HHV-8 viral load did not differ between subtypes (p > 0.05) but HHV-8 viral loads were significantly higher in PEL than in epidemic KS lesion or lymph nodes (p = 0.04). Subtype B was detected in 60% of patients with B cell lymphoma (NHL, PEL and HL) whereas subtype E was only detected in patients with epidemic KS diagnosis. Our data suggest that HHV-8 DNA quantification instead of subtype identification could be used as a surrogate marker for monitoring its infection, not only in epidemic KS patients but also in HIV infected individuals with lymphoproliferative disorders.

Asociación del virus herpes humano 8 y la hiperplasia linfoide nodular difusa del intestino delgado en la inmunodeficiencia variable común Association between the human herpesvirus 8 and the diffuse nodular lymphoid hyperplasia of the small intestine in common variable immunodeficiency
Elena Kokuina,Carlos Domínguez álvarez,Guillermo Noa Pedroso,Pedro Ariel Martínez Rodríguez
Revista Cubana de Hematolog?-a, Inmunolog?-a y Hemoterapia , 2009,
Abstract: La inmunodeficiencia variable común (IDVC) es la inmunodeficiencia primaria más frecuente en el terreno clínico y sus formas de presentación son muy variables. Se describe una paciente con IDVC de adulto con síndrome diarreico crónico, pérdida de peso y linfoadenopatías difusas. Sus características inmunológicas más notables fueron una profunda hipogammaglobulinemia de las 3 clases mayores de inmunoglobulinas y la disminución numérica de las células B (CD19+) y células NK (CD3-CD56+) en sangre periférica. La biopsia del intestino delgado obtenida por panendoscopia asistida por video, reveló hiperplasia linfoide multinodular con atrofia parcial de las vellosidades. La inmunohistoquímica mostró que los nódulos consistían en centros germinales aumentados de tama o con una distribución de células B (CD20+) y células T (CD3+), similar a la del folículo normal. No se encontró expresión diferencial de cadenas ligeras κ y λ. El método de la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (QRT-PCR) detectó un número apreciable de copias del genoma del virus del herpes humano tipo 8 (VHH-8) (133 copias/μL de ADN) en el ADN del nódulo intestinal biopsiado. La infección con el VHH-8 puede ser un factor importante en la patogenia de los trastornos linfoproliferativos en pacientes con IDVC. The common variable immunodeficiency (CVID) is the more frequent primary immunodeficiency in clinical field and its presentation forms are very variable. We describe the case of a women presenting with adult CVID with chronic diarrhea syndrome, weight loss and diffuse lymphadenopathies, where the more marked immunologic features were a deep hypogammaglobulinemia of the three major kinds of immunoglobulins and numerical decrease of B cells (CD19+) and NK cells (CD3-CD56+) in peripheral blood. Biopsy of small intestine obtained by video-assisted panendoscope, showed the presence of a multinodular lymphoid hyperplasia with partial atrophy of hairinesses. Immunohistochemistry showed that nodules were high germinal centers with distribution of B cells (CD20+) and T cells (CD3+), similar to that of normal follicle. There was not differential expression of the K and λ light chains. The real time polymerase chain reaction (QRT-PCR) method detected many copies from the genome of type 8 human herpesvirus (VHH-8) (133 copies/μL of DNA) in biopsy of intestinal nodule DNA. VHH-8 infection may to be a significant factor in pathogenesis of lymphoproliferative disorders in patients presenting with CVID.
Normalización de un sistema de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para la cuantificación del herpesvirus humano 8 Standardization of a real-time polymerase chain reaction system for quantification of human herpesvirus 8
Pedro Ariel Martínez Rodríguez,Mayra Muné Jiménez,Yudira Soto Brito,Rosa Ramírez Bartutis
Revista Cubana de Medicina Tropical , 2009,
Abstract: OBJETIVO: normalizar un sistema de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para determinar la carga viral del herpesvirus humano 8, en diferentes muestras clínicas de pacientes en los que se sospeche la infección por este agente. MéTODOS: se evaluaron 3 de los métodos reportados internacionalmente para obtener ADN estándar en la construcción de curvas externas estándar, que permiten determinar el número de copias de ADN diana en la muestra problema. RESULTADOS: se obtuvieron 3 ADN estándar a partir del clonaje de un fragmento del gen ORF26 del herpesvirus humano 8 en un vector (ADN plasmídico), con la utilización de productos purificados de reacción en cadena de la polimerasa y el empleo de ADN genómico de la línea celular BCBL. Se pudieron construir las curvas patrón a partir de cada uno de los ADN estándar obtenidos, los que mostraron una fuerte correlación lineal (r= -1) y valores muy bajos de error a lo largo de 6 magnitudes de concentración de ADN diana. El límite inferior de detección a partir del ADN plasmídico y de los productos de reacción en cadena de la polimerasa fue de hasta 100 copias, mientras que con el ADN genómico fue de hasta 10 copias; este último sistema resultó el más sensible. CONCLUSIONES: la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real normalizada a partir de los 3 ADN estándar probó ser un sistema rápido, específico y altamente sensible que permitirá un mejor diagnóstico y además desarrollar estudios sobre la patogenia de la infección por el herpesvirus humano 8 en Cuba. OBJECTIVE: to standardize a real-time polymerase chain reaction system to determine the human herpes virus 8 viral load in several samples from patients suspected of this type of infection. METHODS: three internationally known methods were evaluated to obtain standard DNA in standard external curve constructions, which allow determining the number of target DNA copies in the suspected samples. RESULTS: three standards DNA were obtained from cloning ORF26 gene fragment of human herpesvirus 8 in a vector (plasmid DNA), with the use of purified polymerase chain reaction products and of genomic DNA of BCBL cell lines. The pattern curves were constructed on the basis of each of the resulting standard DNA, which showed strong linear correlation (r= -1) and very low error values throughout 6 target DNA concentrations. The lower detection limit based on plasmid DNA and the polymerase chain reaction products was 100 copies, whereas that obtained with genomic DNA reached up to 10 copies; this last system turned to be the most susceptible. CONCLUSIONS: re
Estandarización de un método para la extracción de DNA a partir de muestras clínicas parafinadas
Tiscornia,María M; Cubilla,Marisa A; Lorenzati,María A; Cariaga Martínez,Ariel E; Zapata,Pedro D;
Revista de ciencia y tecnolog?-a , 2010,
Abstract: molecular epidemiology includes genotypic studies of different biological processes, including pathological diseases such as cancer. therefore, the paraffin-embedded clinical samples analysis is very important for diagnosis, prevention and therapy. previously, many problems associated with amplification of dna obtained from paraffin-embedded tissue samples were reported. this paper compares the capability of nine methodologies for dna extraction from paraffin-embedded clinical samples, amplifying it by pcr to analyze under-250-bp fragments corresponding to folate pathway enzymes polymorphisms. modification of "salting-out" method with concentrations of 0.5 m nacl and 2 % ctab detergent and proteinase k was the most suitable for amplifiable dna obtention of selected amplicons. all methods showed better amplification with longer cycles and lower annealing temperatures as compared to less fragmented dna samples.
Normalización de un sistema de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para la cuantificación del herpesvirus humano 8
Martínez Rodríguez,Pedro Ariel; Muné Jiménez,Mayra; Soto Brito,Yudira; Ramírez Bartutis,Rosa; Correa Sierra,Consuelo; Alfonso Castellanos,Melkis; Kourí Cardellá,Vivian;
Revista Cubana de Medicina Tropical , 2009,
Abstract: objective: to standardize a real-time polymerase chain reaction system to determine the human herpes virus 8 viral load in several samples from patients suspected of this type of infection. methods: three internationally known methods were evaluated to obtain standard dna in standard external curve constructions, which allow determining the number of target dna copies in the suspected samples. results: three standards dna were obtained from cloning orf26 gene fragment of human herpesvirus 8 in a vector (plasmid dna), with the use of purified polymerase chain reaction products and of genomic dna of bcbl cell lines. the pattern curves were constructed on the basis of each of the resulting standard dna, which showed strong linear correlation (r= -1) and very low error values throughout 6 target dna concentrations. the lower detection limit based on plasmid dna and the polymerase chain reaction products was 100 copies, whereas that obtained with genomic dna reached up to 10 copies; this last system turned to be the most susceptible. conclusions: real-time polymerase chain reaction system, standardized for the three standard dna proved to be a rapid, specific and highly sensitive system for better diagnosis, and for the development of studies on the pathogenesis of human herpesvirus 8 infection in cuba.
Fichas de MedTrad: buffer
Ariel F. Martínez
Panace@ : Revista de Medicina, Lenguaje y Traducción , 2001,
Abstract:
La masculinidad a debate
Ariel Martínez
Mora (Buenos Aires) , 2009,
Abstract:
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