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Descifrando las bases moleculares de la resistencia cuantitativa
Lopez Camilo
Acta Biológica Colombiana , 2011,
Abstract: Uno de los factores mas importantes que afectan los cultivos son las enfermedades ocasionadas por los patógenos. La resistencia vegetal ha sido clásicamente dividida en dos tipos: i) competa, vertical o cualitativa que es gobernada por un solo gen y ii) incompleta, horizontal o cuantitativa la cual es gobernada por varios genes. Aunque la resistencia cuantitativa provee resistencia de amplio espectro y es durable, los mecanismo moleculares subyacentes no han sido estudiados en detalle. En esta revisión se propone un modelo basado en la co-localización de genes similares a los clásicos genes de resistencia cualitativa con QTLs (Quantitative Trait Loci) para explicar el mecanismo involucrado en el reconocimiento del patógeno durante la resistencia cuantitativa. Además se presenta información acerca del progreso obtenido en los últimos tres a os para entender este tipo de resistencia, que culminó con la clonación de varios genes asociados a la resistencia cuantitativa. En conjunto, estos datos proveen nuevas luces sobre la naturaleza genética de este tipo de resistencia y de cómo puede ser empleada en programas de mejoramiento genético.
Estrategia de silenciamiento génico en yuca para la validación de genes de resistencia.
Lopez Camilo Ernesto
Acta Biológica Colombiana , 2010,
Abstract: La yuca (Manihot esculenta) constituye la base de la alimentación para mas de 1000 millones de personas en el mundo considerándose por esta razón un cultivo primordial para la seguridad alimentaria. La bacteriosis vascular ocasionada por la bacteria gram negativa Xanthomonas axonopodis pv. manihotis (Xam) es uno de las factores mas limitantes para la producción en este cultivo. Un gen de resistencia candidato de yuca a la bacteriosis vascular, denominado RXam1, ha sido previamente identificado. En este trabajo se empleó la estrategia de silenciamiento génico mediado por el geminivirus ACMV (del ingles African Cassava Mosaic Virus) para validar la función del gen RXam1. Como control positivo se utilizó el gen su, cuyo silenciamiento produce blanqueamiento en las hojas. Plantas de la variedad SG10735 fueron bombardeadas con las construcciones ACMV-A-SU + ACMV-B y ACMV-A-RXam1 + ACMV-B. La eficiencia de silenciamiento empleando el gen su fue baja, observándose un fenotipo de blanqueamiento en solo una de las siete plantas. En las plantas posiblemente silenciadas en el gen RXam1, no se logró identificar siRNAs correspondientes a este gen, aunque si se observó una leve disminución en la expresión de RXam1 en una de las plantas evaluadas. Las curvas de crecimiento para la cepa Xam CIO136 en plantas de yuca inoculadas mostraron una leve pero no significativa diferencia en la susceptibilidad de las plantas silenciadas con respecto a las no silenciadas.
Identificación de polimorfismos en genes candidatos de resistencia en yuca
Vasquez Andrea,Lopez Camilo
Acta Agronómica , 2012,
Abstract: La yuca (Manihot esculenta) se constituye en la base de la alimentación para mas de 1000 millones de personas en el mundo. La producción de yuca puede verse severamente comprometida por las enfermedades ocasionadas por diferentes patógenos. Para defenderse de las infecciones virales, bacterianas y fúngicas, las plantas han desarrollado un grupo de proteínas de resistencia (R), las cuales son capaces de reconocer moléculas especificas de los patógenos. Un repertorio amplio de proteínas R han sido identificadas en varias especies vegetales y a pesar de conferir resistencia a patógenos diversos presentan unos pocos dominios conservados. A partir de la reciente liberación de la secuencia completa del genoma de yuca se identificaron secuencias similares a proteínas R en el genoma de yuca. Con esta información se dise aron cebadores para amplificar 13 genes en yuca. Para 10 de ellos se logró obtener amplificación en las variedades TMS30572 y CM2177-2, las cuales representan los parentales empleados en la construcción del mapa genético de yuca. A partir de la secuenciación de los amplicones obtenidos se identificaron 37 SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) de los cuales 18 (48,6%) corresponden a transversiones y 19 (45,9%) a transversiones. El restante son inserciones/deleciones. Este conocimiento permitirá desarrollar estrategias adecuadas para el desarrollo de marcadores moleculares tipo CAPs (del ingles Cleaved Amplified Polymorphism) para posteriormente evaluar su segregación en la población F1, permitien
EXPRESIóN DE DOS GENES CANDIDATOS A RESISTENCIA CONTRA LA BACTERIOSIS VASCULAR EN YUCA
CONTRERAS NIETO ELIZABETH,LOPEZ CAMILO
Acta Biológica Colombiana , 2008,
Abstract: La yuca (Manihot esculenta Crantz, Euphorbiaceae) es el cuarto cultivo en importancia a nivel mundial como fuente de calorías para la población humana y cuya producción se ve afectada por la bacteriosis vascular, enfermedad ocasionada por Xanthomonas axonopodis pv. manihotis (Xam). La resistencia a enfermedades en plantas depende de la presencia de genes de resistencia (R), los cuales reconocen a los patógenos y simultáneamente permiten desencadenar la respuesta de defensa. A pesar de recientes esfuerzos encaminados a la identificación de genes R en yuca, aún no se ha logrado clonar el primer gen R en este cultivo. En el presente trabajo se estudió el perfil de expresión de dos Genes Candidatos a Resistencia (RGCs) asociados a QTLs de defensa contra la bacteriosis vascular en yuca. A partir de la técnica transcripción reversa y reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR) se evaluó la expresión de los genes RXam1 y RXam2 en tallos y hojas de las variedades resistentes SG107-35 y MBRA685 de yuca, después de ser inoculadas con la cepa CIO151 de Xam. Se observó que RXam1 es inducido a partir de los cinco días post-inoculación tanto en tallos como hojas de las dos variedades, mientras que RXam2 es expresado de manera constitutiva en la variedad MBRA685.
Biofuels and Biotechnology: Cassava (Manihot esculenta) as research model BIOCOMBUSTIBLES Y BIOTECNOLOGíA: LA YUCA (Manihot esculenta) COMO MODELO DE INVESTIGACIóN.
Cortes Simon,Lopez Camilo,Chavarriaga Paul
Acta Biológica Colombiana , 2010,
Abstract: Fuels such as ethanol and biodiesel, obtained from plants and their constituents, have recently received the world’s attention as a true alternative to the global energy supply, mainly because they are cheaper and less contaminant of the environment than the currently used, non-renewable fossil fuels. Due to the pushing biofuel market, the world is currently experiencing an increase of agricultural land devoted to grow crops used to obtain them, like maize and sugar cane, as well as crops that have the potential to become new sources of biofuels. Similarly, this emerging market is boosting the basic research oriented towards obtaining better quality and yield in these crops. Plants that store high quantities of starch, simple sugars or oils, are the target of the biofuel industry, although the newest technologies use also cellulose as raw material to produce fuels. Cassava (Manihot esculenta) is widely grown in the tropics and constitutes a staple food for approximately 10% of the world population. The high starch content of its storage roots, together with the use of conventional and non-conventional breeding turn this crop into an option to obtain better adapted varieties for ethanol production. This reflexion article reviews the current status of biofuels worldwide and at the national level, and discusses the benefits and challenges faced in terms of effect on the environment and the human food chain. Finally, it discusses the potential of cassava as a source of raw material for obtaining biofuels in Colombia. Los combustibles obtenidos a partir de materia vegetal, como el etanol y el biodiesel, están tomando importancia en la dinámica energética mundial, gracias principalmente a que son más económicos y menos contaminantes del medio ambiente que los combustibles fósiles. El mercado de biocombustibles ha producido un incremento en las áreas de cultivo tanto de plantas regularmente usadas como materia prima para su obtención como de aquellas con potencial de ser nuevas fuentes de producción, al igual que ha impulsado la investigación básica orientada hacia el incremento en calidad y producción de diferentes cultivos. Las plantas que almacenan cantidades importantes de almidón, azúcares simples o aceites son el blanco principal para la producción de biocombustibles, aunque nuevas tecnologías están permitiendo la utilización de celulosa como materia prima. El cultivo de yuca (Manihot esculenta) está ampliamente distribuido en toda la zona tropical y es la base alimenticia de cerca del 10% de la población mundial. El alto contenido de almidón en las raíc
CONSTRUCCIóN DE UNA LIBRERíA DE ADNc EN YUCA: UNA HERRAMIENTA PARA EL DESARROLLO BIOTECNOLóGICO DEL CULTIVO
GONZALEZ ALMARIO CAROLINA,LOPEZ CAMILO E
Acta Biológica Colombiana , 2008,
Abstract: La yuca es un cultivo de importancia en la seguridad alimentaria mundial ya que constituye la base de la alimentación de más de 600 millones de personas en el mundo. También es un alto productor de almidón con niveles que oscilan entre 73,7 y 84,9% de su peso seco total en raíces (FAO, 2007). El almidón de yuca puede utilizarse en una gama amplia de industrias (textil, cosmética, alimentaria, etc). Además, es empleado en la producción de biocombustibles. Una de las principales limitantes en la producción de yuca es la bacteriosis vascular producida por la bacteria Xanthomonas axonopodis pv. manihotis (Xam). Esta enfermedad puede comprometer no solo el suministro de almidón para las plantas industriales productoras de bioetanol sino que también puede amenazar la seguridad alimentaria. El mejoramiento genético convencional de yuca es complicado dado su largo ciclo reproductivo, su alta heterocigocidad y su naturaleza tetraploide. Por estas razones se deben buscar alternativas que involucren desarrollos en biotecnología que permitan un mejoramiento eficaz y rápido. En la actual era genómica y postgenómica muchos de los experimentos dependen de la posibilidad de contar con la secuencia de transcritos clonados. Dado que estos clones provienen de librerías de ADNc contar con este tipo de recursos de excelente calidad es un paso esencial. En este artículo reportamos la construcción de una librería de ADNc empleando el sistema Gateway a partir de plantas de yuca que han sido inoculadas con la cepa CIO151 de Xam. La librería presentó un título de 1 x 107 unidades formadoras de colonias (ufc)/ml y el tama o de los insertos osciló entre 600-1.500 pb. Los análisis de secuencia de 14 clones al azar confirmaron que se trata de genes expresados y mostraron similitud con genes previamente reportados en especies estrechamente relacionadas a yuca. Esta librería se convierte en un excelente recurso para identificar novedosos genes y para el estudio de su función a través de la identificación y la interacción entre proteínas.
Análisis de ESTs de yuca (Manihot esculenta): una herramienta para el descubrimiento de genes.
Zapata Andres,Neme Rafik,Sanabria Carolina,Lopez Camilo
Acta Biológica Colombiana , 2011,
Abstract: La yuca (Manihot esculenta) constituye la base de la alimentación para más de 1.000 millones de personas en el mundo, consolidándose como el cuarto cultivo más importante en el mundo después del arroz, el maíz y el trigo. La yuca es considerada como un cultivo relativamente tolerante a condiciones de estrés abiótico y biótico, sin embargo estas características se encuentran principalmente en variedades no comerciales. Las estrategias de mejoramiento genético convencional o mediadas por transformación genética representan una alternativa para introducir las características deseadas dentro de las variedades comerciales. Un paso fundamental con miras a acelerar los procesos de mejoramiento genético en yuca requiere el descubrimiento de los respectivos genes relacionados con las características buscadas, para lo cual los ESTs (del inglés Expressed Sequence Tags) son una vía rápida para este fin. En este estudio se realizó un análisis de la colección completa de ESTs disponibles en yuca, representada por 80.459 secuencias, los cuales fueron ensamblados en un conjunto de de 29.231 genes únicos (unigen), representado por 10.945 contigs y 18.286 singletones. Estos 29.231 genes únicos pueden representar cerca del 80% de los genes del genoma de yuca. Entre el 5 y 10% de los unigenes de yuca no presentaron similitud con las secuencias presentes en las bases de datos de NCBI y pueden constituir genes específicos de yuca. A un grupo de secuencias del set unigen (29%) fue posible asignarles una categoría funcionales de acuerdo al vocabulario Gene Ontology. El componente función molecular es el mejor representado con 43% de las secuencias, seguido por el componente proceso biológico (38%) y finalmente el componente celular (19%). Dentro de la colección de ESTs de yuca se identificaron 3.709 microsatélites que podrán ser empleados como marcadores moleculares. Este estudio representa una contribución importante al conocimiento de la estructura genómica funcional de la yuca y se constituye en una herramienta para la identificación de genes asociados a características de interés agrícola para posteriores programas de mejoramiento genético.
Experimental Evaluation of the Concentration Zone Widths in Cane Sugar Crystallization using Data and Image Acquisition
O. Velazquez-Camilo,E. Bolanos-Reynoso,L. Lopez-Zamora,J. Alvarez-Ramirez
Lecture Notes in Engineering and Computer Science , 2010,
Abstract:
Classic and emergent risk factors for Cardiovascular diseases
Patricio Lopez Jaramillo,Camilo Félix,Carlos Escudero BB,Mónica López
MedUNAB , 1998,
Abstract:
COMPRESION DE SE ALES ECG UTILIZANDO DWT Y CODIFICACION HUFFMAN
DORA MARíA BALLESTEROS,CAMILO ANDRéS LEMUS,ALBERTO SUAREZ LOPEZ
Scientia Et Technica , 2009,
Abstract: Los algoritmos de compresión de se ales se utilizan con frecuencia en sistemas de almacenamiento de la información y sistemas de comunicaciones, con el propósito de disminuir el espacio de almacenamiento en disco e incrementar el número de canales en un sistema. Este artículo presenta un algoritmo para la descomposición wavelet y la codificación Huffman enfocados en la compresión de se ales ECG, desarrollado en Matlab versión R2009a. Se estima la relación de compresión a partir de la longitud de los datos de la se al ECG digitalizada y la longitud de la trama codificada y se calcula el porcentaje de distorsión de la se al comprimida.
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