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Distribución y diversidad genética de Begomovirus que infectan tomate (Solanum lycopersicum L) en Colombia
Vaca-Vaca,Juan Carlos; Betancur-Pérez,Jhon Fredy; López-López,Karina;
Revista Colombiana de Biotecnología , 2012,
Abstract: diseased caused by begomoviruses (family geminiviridae) constitute a serious constraint to tomato production in colombia. however characterization of these new viruses had not been carried out so far. here we report a large scale survey on the distribution and genetic diversity of tomato infecting geminiviruses which are affecting mayor growing area of this crop in the country. viruses were detected by pcr using universal primers for members of genus begomovirus. the rflp analysis of pcr-amplified fragments showed individual and mixed infections of several geminiviruses in many of the samples. pcr-amplified fragments were cloned and sequenced. based on sequence comparations and phylogenetic analysis, the colombian geminivirus isolates were new world bipartite geminiviruses showing close relationship with pymv and tovev. by means of bioinformatic analysis of cis-acting elements (iterons) involved in dna replication of rep gene of colombian geminivirus isolates was possible to postulate possible pseudorecombinación events that could occur between them but also confirm the occurrence of mixed infections.
Distribución y diversidad genética de Begomovirus que infectan tomate (Solanum lycopersicum L) en Colombia
Vaca-Vaca Juan Carlos,Betancur-Pérez Jhon Fredy,López-López Karina
Revista Colombiana de Biotecnología , 2012,
Abstract: Título en ingles: Distribution and genetic diversity of tomato –infecting Begomovirus in Colombia Resumen: Las enfermedades causadas por los begomovirus, (Familia Geminiviridae) constituyen una serie limitante para la producción del tomate en Colombia. Sin embargo, la caracterización de estos virus no ha sido realizada al momento. Aquí presentamos los resultados de un muestreo a nivel nacional que buscaba conocer la distribución y diversidad genética de los geminivirus que están afectando el cultivo de tomate en Colombia. Los virus fueron detectados mediante PCR, empleando primer universales específicos para el género Begomovirus. Los fragmentos amplificados por PCR fueron sometidos a un análisis tipo RFLP cuyos resultados evidenciaron presencia de infecciones mixtas e individuales de geminivirus en la mayoría de las muestras recolectadas en campo. Los fragmentos amplificados por PCR fueron clonados y secuenciados. El análisis de secuencia y filogenético mostró que los aislados begomovirales colombianos eran gemininivirus bipartitas típicos del Hemisferio Occidental y que algunos eran variantes de PYMV y otros de ToTEV. Mediante el análisis de los elementos cis-regulatorios (iterones) presentes en el promotor del gen de la proteína asociada a replicación (Rep) de los begomovirus aislados es posible postular eventos de pseudorecombinación que podrían suceder entre ellos durante la ocurrencia de infecciones mixtas en tomate. Palabras claves: Geminivirus; Solanum licopersicum; PCR-RFLP; infecciones mixtas. Abstract: Diseased caused by begomoviruses (Family Geminiviridae) constitute a serious constraint to tomato production in Colombia. However characterization of these new viruses had not been carried out so far. Here we report a large scale survey on the distribution and genetic diversity of tomato infecting geminiviruses which are affecting mayor growing area of this crop in the country. Viruses were detected by PCR using universal primers for members of genus Begomovirus. The RFLP analysis of PCR-amplified fragments showed individual and mixed infections of several geminiviruses in many of the samples. PCR-amplified fragments were cloned and sequenced. Based on sequence comparations and phylogenetic analysis, the Colombian geminivirus isolates were new world bipartite geminiviruses showing close relationship with PYMV and ToVEV. By means of bioinformatic analysis of cis-acting elements (iterons) involved in DNA replication of rep gene of Colombian geminivirus isolates was possible to postulate possible pseudorecombinación events that could occur betwee
Búsqueda de genes de resistencia al pasador del fruto en poblaciones segregantes de tomate
Rodríguez Mora Diana Milena,Betancur-Pérez Jhon Fredy,Vallejo Cabrera Franco Alirio,Vaca-Vaca Juan Carlos
Acta Agronómica , 2010,
Abstract: Las estrategias de mejoramiento genético para encontrar resistencia al pasador del fruto, Neoleucinodes elegantalis, en tomate, Solanum lycopersicum L. se han basado en métodos tradicionales de introgresión genética por medio de retrocruzamiento. Sin embargo este proceso es largo y dispendioso. Debido a esta problemática, se utilizó la técnica molecular cDNA-AFLP para identificar genes involucrados en la resistencia a esta plaga en poblaciones segregantes de tomate, con el fin de identificar marcadores moleculares que puedan ser utilizados en futuros programas de fitomejoramiento. Los materiales de tomate evaluados fueron Unapal-Maravilla (susceptible), S. habrochaites var. glabratum, accesión PI 134418 (resistente) y tres retrocruzamientos obtenidos del cruzamiento interespecífico entre ambas especies. De estos materiales vegetales se extrajo el RNA total y se sintetizó el cDNA, el cual se utilizó como material de inicio de la técnica cDNA-AFLP. A partir del preamplificado de cDNA se evaluaron diferentes combinaciones de primers: +1+1, +3+3 y sus derivados. La combinación que presentó mejores amplificados fue la +1+1, para un total de 37 bandas polimórficas. De estas bandas, 9 fragmentos tipo EST (Expressed Sequence Target) fueron recuperados, siendo candidatos a explicar la resistencia al pasador del fruto en tomate.
Búsqueda de genes de resistencia al pasador del fruto en poblaciones segregantes de tomate
Rodríguez Mora,Diana Milena; Betancur-Pérez,Jhon Fredy; Vallejo Cabrera,Franco Alirio; Vaca-Vaca,Juan Carlos; López-López,Karina;
Acta Agronómica , 2010,
Abstract: breeding strategies for resistance to fruit borer neoleucinodes elegantalis in tomato solanum lycopersicum k l. have relied on traditional methods through genetic introgression by backcrossing. however, this process is slow and expensive. the cdna-aflp molecular technique was used to identify genes involved on fruit borer resistance in tomato segregating populations, the evaluated materials of tomato were: unapal maravilla (susceptible to fruit borer) , s. habrochaites var. glabratum, acc. pi 134418 (resistant to fruit borer), and three interspecific backcross produced by crossbreeding between those two species. from these plant materials, total rna was extracted and cdna-aflp technique was implemented. from the preamplified cdna, different combinations of primers: +1+1, +3+3 and their derivates were evaluated. the combination that showed better amplified was +1+1 for a total of 37 polymorphic bands and 9 fragments type expressed sequence target was isolated, which could explain the resistance of tomato to fruit borer.
IDENTIFICACIóN DE GENES CANDIDATOS DE PATOGENICIDAD EN LA INTERACCIóN DE LA CEPA CENICAFE 9501 CON EL NEMáTODO DEL NUDO RADICAL Meloidogyne spp.
Cardona Bustos,Nadya Lorena; Betancur Pérez,Jhon Fredy; Rivera Serna,Luis Fernando; Gaitán Bustamante,Alvaro;
Revista Facultad Nacional de Agronomía, Medellín , 2008,
Abstract: in 1997 it was reported for the first time from soil isolation of a hyphomycete fungus from chinchiná ( caldas, colombia ), attacking eggs and other biological stages of the plant parasite nematodes meloidogyne incognita and m. javanica, from commercial coffee plots. due to the impossibility to classify it taxonomically under current genera, this isolate has been labeled in the mean time as cenicafe 9501. given its potential as biological control agent, the identification of canditate genes involved in pathogenicity processes on meloidogyne eggs was proposed. with this purpose, differential libraries were constructed using the subtractive hybridization method. sequencing of 188 clones allowed the identification of 80 unigenes, with the highest percentage corresponding to sequences without homology (32%), followed by candidate genes for pathogenesis (22%), cellular transport (17%), protein synthesis (11%) and in lesser degree those involved with transcription and primary metabolism (18%). among those genes with reading frames showing homology to proteins involved in pathogenicity can be found a peptidase, a ubiquitination receptor, a deubiquitinase, a ubiquinone oxydoreductase, a protein related to the degradation of the cell wall, a glycosyl hydrolase and fatty acid hydrolase, as well as a serine protease. a validation of the putative function of these genes is neccesary in order to increase the basic knowledge of the physiology of this fungus with bioregulation potential.
IDENTIFICACIóN DE GENES CANDIDATOS DE PATOGENICIDAD EN LA INTERACCIóN DE LA CEPA CENICAFE 9501 CON EL NEMáTODO DEL NUDO RADICAL Meloidogyne spp. IDENTIFICATION OF PATHOGENIC CANDIDATES GENES IN THE INTERACTION OF THE CENICAFE 9501 STRAIN WITH THE ROOT KNOT NEMATODE Meloidogyne spp.
Nadya Lorena Cardona Bustos,Jhon Fredy Betancur Pérez,Luis Fernando Rivera Serna,Alvaro Gaitán Bustamante
Revista Facultad Nacional de Agronomía, Medellín , 2008,
Abstract: En 1997 se registró por primera vez el aislamiento de un hongo Hyphomycete de suelos de Chinchiná (Caldas, Colombia) atacando huevos y otros estadios biológicos de las especies de nematodos fitoparásitos Meloidogyne incognita y M. javanica provenientes de lotes comerciales con café. Debido a la imposibilidad de clasificarlo taxonómicamente en los géneros actuales, este aislamiento se ha denominado temporalmente como CENICAFE 9501. Dado su potencial como biocontrolador, se propuso identificar genes candidatos involucrados en el proceso de patogenicidad de huevos de Meloidogyne. Con este fin se construyeron librerías diferenciales mediante el método de hibridación sustractiva. La secuenciación de 188 clones obtenidos permitió identificar 80 unigenes, de los cuales el mayor porcentaje correspondió a secuencias sin homología (32%), seguidas por genes candidatos a funciones de patogénesis (22%), transporte celular (17%), síntesis de proteínas (11%) y en menor proporción aquellos involucrados con transcripción y metabolismo primario (18%). Dentro de aquellos genes que contienen marcos de lectura con homología a proteínas que intervienen en la patogenicidad se encuentran una peptidasa, un receptor para sitios de ubiquitinación, una deubiquinasa, una ubiquinona oxidoreductasa, proteína relacionada con la degradación de pared celular, glicosil hidrolasa e hidroxilasa de ácidos grasos, asi como una serin proteasa. Se hace necesaria la validación de las funciones putativas de estos genes candidatos con el fin de incrementar el conocimiento básico de la fisiología de este hongo con potencial biorregulador. In 1997 it was reported for the first time from soil isolation of a Hyphomycete fungus from Chinchiná ( Caldas, Colombia ), attacking eggs and other biological stages of the plant parasite nematodes Meloidogyne incognita and M. javanica, from commercial coffee plots. Due to the impossibility to classify it taxonomically under current genera, this isolate has been labeled in the mean time as CENICAFE 9501. Given its potential as biological control agent, the identification of canditate genes involved in pathogenicity processes on Meloidogyne eggs was proposed. With this purpose, differential libraries were constructed using the subtractive hybridization method. Sequencing of 188 clones allowed the identification of 80 unigenes, with the highest percentage corresponding to sequences without homology (32%), followed by candidate genes for pathogenesis (22%), cellular transport (17%), protein synthesis (11%) and in lesser degree those involved with transcription and
SELECCIóN DE UN MéTODO PARA PRODUCIR CARBóN ACTIVADO UTILIZANDO CUATRO ESPECIES FORESTALES
Herrera Builes,Jhon Fredy; Morales Yepes,Wilmar Alexander; Pérez Schile,Juan David;
Revista Facultad Nacional de Agronomía, Medellín , 2004,
Abstract: this investigation was conducted in the coal and of forest products laboratory of the universidad nacional de colombia , sede medellín. it was oriented towards the selection of a method to obtain activated carbon form the following forest species; pino pátula (pinus patula), chingalé (jacaranda copaia), pino tecunumani (pinus tecunumanii) and roble (quercus humboldtii). the wood of each was characterized determining their physical properties of density and contraction. seven different methods were tested; chemical activation, chemical-physical activation with co2, chemical-physical activation with co2 and water vapor; chemical-physical activation with water vapor; physical activation with co2; physical activation with water vapor, and physical activation with co2 and water vapor. the variables studied were residence time and temperature. taking as a parameter the iodine index, the chemical-physical activation with water vapor was selected, obtaining an iodine index of over 800 for all the species studied, with the exception of roble that only attained 764, which is still acceptable for water treatment.
PERSISTENCIA DE PLAGUICIDAS EN EL AMBIENTE Y SU ECOTOXICIDAD: UNA REVISIóN DE LOS PROCESOS DE DEGRADACIóN NATURAL
NARVáEZ VALDERRAMA JHON FREDY,PALACIO BAENA JAIME ALBERTO,MOLINA PéREZ FRANCISCO JOSé
Gestión y Ambiente , 2012,
Abstract: Los plaguicidas son los contaminantes de origen antrópico con mayor frecuencia de aplicación en los ambientes naturales. Una vez en el ambiente, factores naturales como la biodegradación, la fotodegradación y la hidrólisis química disminuyen su persistencia y por lo tanto su ecotoxicidad. Sin embargo, algunos productos de transformación pueden tener mayor potencial de bioacumulación y de toxicidad que los compuestos parentales. Por lo anterior, el conocimiento de los procesos de degradación en el ambiente es determinante en los estudios de la dinámica de los plaguicidas en la fase ambiental y su impacto sobre los ecosistemas acuáticos y terrestres. Esta revisión pretende mostrar la influencia de los procesos de degradación natural sobre la persistencia de los plaguicidas, su ecotoxicidad y su dinámica. Además, pretende complementar el conocimiento de la aplicación de los procesos de degradación de plaguicidas, en el tratamiento de las aguas contaminadas. Mientras algunas metodologías en los procesos de biodegradación han aplicado la manipulación genética de microorganismos, en la fotodegradación se han aplicado tecnologías avanzadas de oxidación (TAOs) en el tratamiento de aguas contaminadas con plaguicidas.
SELECCIóN DE UN MéTODO PARA PRODUCIR CARBóN ACTIVADO UTILIZANDO CUATRO ESPECIES FORESTALES SELECTION OF A METHOD TO PRODUCE ACTIVATED CHARCOAL USING FOUR FOREST SPECIES
Jhon Fredy Herrera Builes,Wilmar Alexander Morales Yepes,Juan David Pérez Schile
Revista Facultad Nacional de Agronomía, Medellín , 2004,
Abstract: La presente investigación se realizó en los laboratorios de Carbones y de Productos Forestales, de la Universidad Nacional de Colombia, Sede Medellín. ésta se orientó hacia la selección de un método para obtener carbón activado a partir de las especies forestales pino pátula (Pinus patula), chingalé (Jacaranda copaia), pino tecunumani (Pinus tecunumanii) y roble (Quercus humboldtii). Cada una de las maderas se caracterizó, determinando sus propiedades físicas de densidades y contracciones. Se experimentaron siete métodos; activación química, activación químico - física con CO2, activación químico - física con CO2 y vapor de agua, activación químico - física con vapor de agua, activación física con CO2, activación físico con vapor de agua y activación física con CO2 y vapor de agua. Las variables que se estudiaron fueron el tiempo de residencia y la temperatura. Tomando como parámetro el índice de yodo se seleccionó el método de activación químico - física con vapor de agua, obteniéndose índices de yodo, por encima de 800 para todas las especies estudiadas, a excepción del roble que solo alcanzó 764, que aun es aceptable para el tratamiento de aguas. This investigation was conducted in the Coal and of Forest Products Laboratory of the Universidad Nacional de Colombia , Sede Medellín. It was oriented towards the selection of a method to obtain activated carbon form the following forest species; pino pátula (Pinus patula), chingalé (Jacaranda copaia), pino tecunumani (Pinus tecunumanii) and roble (Quercus humboldtii). The wood of each was characterized determining their physical properties of density and contraction. Seven different methods were tested; chemical activation, chemical-physical activation with CO2, chemical-physical activation with CO2 and water vapor; chemical-physical activation with water vapor; physical activation with CO2; physical activation with water vapor, and physical activation with CO2 and water vapor. The variables studied were residence time and temperature. Taking as a parameter the iodine index, the chemical-physical activation with water vapor was selected, obtaining an iodine index of over 800 for all the species studied, with the exception of roble that only attained 764, which is still acceptable for water treatment.
Detección, identificación y localización geográfica de Begomovirus que afectan al tomate en Colombia
Vaca-Vaca,Juan Carlos; Betancurt-Pérez,Jhon Fredy; López-López,Karina;
Revista Colombiana de Biotecnología , 2011,
Abstract: the begomoviruses (family geminiviridae) have recently emerged as a serious pathogens of agronomic and horticultural crops in subtropical and tropical regions of world. these viruses are transmitted by the whitefly (bemisia tabaci) that recently has got a significant increase in its populations and also has been associated with the appearance of geminivirus typical symptoms in tomato crops around colombia. tomato samples with typical begomovirus symptoms were collected in five different departments, comprising the mayor tomato growing areas of the country. begomovirus were detected by polymerase chain reaction (pcr) or dot blot hybridization in all tomato samples collected in whole tomato growing areas of the country. with exception for valle del cauca, this is the first report of tomato-infecting begomovirus in antioquia, santander, boyacá and cundinamarca departments. also this is the first report of tomato-infecting begomovirus crops located above 1500 masl in colombia.
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