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MC64-ClustalWP2: A Highly-Parallel Hybrid Strategy to Align Multiple Sequences in Many-Core Architectures
David Díaz, Francisco J. Esteban, Pilar Hernández, Juan Antonio Caballero, Antonio Guevara, Gabriel Dorado, Sergio Gálvez
PLOS ONE , 2014, DOI: 10.1371/journal.pone.0094044
Abstract: We have developed the MC64-ClustalWP2 as a new implementation of the Clustal W algorithm, integrating a novel parallelization strategy and significantly increasing the performance when aligning long sequences in architectures with many cores. It must be stressed that in such a process, the detailed analysis of both the software and hardware features and peculiarities is of paramount importance to reveal key points to exploit and optimize the full potential of parallelism in many-core CPU systems. The new parallelization approach has focused into the most time-consuming stages of this algorithm. In particular, the so-called progressive alignment has drastically improved the performance, due to a fine-grained approach where the forward and backward loops were unrolled and parallelized. Another key approach has been the implementation of the new algorithm in a hybrid-computing system, integrating both an Intel Xeon multi-core CPU and a Tilera Tile64 many-core card. A comparison with other Clustal W implementations reveals the high-performance of the new algorithm and strategy in many-core CPU architectures, in a scenario where the sequences to align are relatively long (more than 10 kb) and, hence, a many-core GPU hardware cannot be used. Thus, the MC64-ClustalWP2 runs multiple alignments more than 18x than the original Clustal W algorithm, and more than 7x than the best x86 parallel implementation to date, being publicly available through a web service. Besides, these developments have been deployed in cost-effective personal computers and should be useful for life-science researchers, including the identification of identities and differences for mutation/polymorphism analyses, biodiversity and evolutionary studies and for the development of molecular markers for paternity testing, germplasm management and protection, to assist breeding, illegal traffic control, fraud prevention and for the protection of the intellectual property (identification/traceability), including the protected designation of origin, among other applications.
Valoración del riesgo psicosocial en las enfermeras de nefrología de los hospitales de Sevilla Evaluation of the psychosocial risk in nephrology nurses in hospitals in Seville
Eugenio Mesa de la Torre,Antonio Gálvez Díaz,Manuel ángel Calvo Calvo,Ma Dolores Vázquez Franco
Revista de la Sociedad Espa?ola de Enfermería Nefrológica , 2005,
Abstract: El objetivo general de este trabajo fue realizar una evaluación psicosocial del personal de enfermería de las unidades de nefrología de los hospitales “Virgen del Rocío” y “Virgen Macarena” de Sevilla, siendo los objetivos específicos del estudio describir la situación de este grupo en cuanto a clima laboral, tipo de conflictos del grupo, gestión de los conflictos, relación con el mando inmediato y bases de poder, acoso laboral y comparación entre las unidades de ambas instituciones. El estudio se realizó evaluando 66 encuestas contestadas por el personal de enfermería de los servicios de nefrología, de ambos hospitales. Las conclusiones obtenidas fueron las siguientes: 1. El clima laboral es una mezcla entre clima de apoyo y reglas. 2. El tipo de conflicto que predomina en la organización es de tareas sobre el afectivo. 3. El estilo de gestión para solucionar los conflictos es el de integración. 4. Las bases de poder están divididas entre formales e informales y el mando no es autoritario. 5. El acoso laboral es casi inexistente, siendo éste sobre la función laboral del trabajador, lo que provoca muy baja incidencia somática en el individuo. 6. Las diferencias halladas entre las dos unidades no son significativas. The general aim of this work was to conduct a psychosocial assessment of nursing staff in the nephrology units of the hospitals Virgen del Rocío and Virgen Macarena in Seville, the specific aims of the study being to describe the situation of this group as regards the working environment, type of group conflicts, conflict management, relations with immediate superiors and power bases, harassment and comparison between the units in the two hospitals. The study was carried out by assessing 66 surveys to which nephrology service nursing staff in both hospitals had responded. The conclusions obtained were as follows: 1. The working environment is a mixture of support and rules. 2. The predominating type of conflict in the organization relates to tasks rather than emotional. 3. The management style to resolve conflicts is integration. 4. The power bases are divided between formal and informal and command is not authoritarian. 5. Harassment is almost non-existent, and is directed at the employee’s work, which causes a very low somatic incidence on the individual. 6. The differences found between the two units are not significant.
Valoración del riesgo psicosocial en las enfermeras de nefrología de los hospitales de Sevilla
Mesa de la Torre,Eugenio; Gálvez Díaz,Antonio; Calvo Calvo,Manuel ángel; Vázquez Franco,Ma Dolores; Castilla Requena,Rafael; Luque Cid,Antonio;
Revista de la Sociedad Espa?ola de Enfermería Nefrológica , 2005, DOI: 10.4321/S1139-13752005000400004
Abstract: the general aim of this work was to conduct a psychosocial assessment of nursing staff in the nephrology units of the hospitals virgen del rocío and virgen macarena in seville, the specific aims of the study being to describe the situation of this group as regards the working environment, type of group conflicts, conflict management, relations with immediate superiors and power bases, harassment and comparison between the units in the two hospitals. the study was carried out by assessing 66 surveys to which nephrology service nursing staff in both hospitals had responded. the conclusions obtained were as follows: 1. the working environment is a mixture of support and rules. 2. the predominating type of conflict in the organization relates to tasks rather than emotional. 3. the management style to resolve conflicts is integration. 4. the power bases are divided between formal and informal and command is not authoritarian. 5. harassment is almost non-existent, and is directed at the employee’s work, which causes a very low somatic incidence on the individual. 6. the differences found between the two units are not significant.
Frecuencia de enfermedades neoplásicas en el Hospital Regional de Alta Especialidad del Ni o "Dr. Rodolfo Nieto Padrón" de la Cd. de Villahermosa, Tabasco en el periodo 2007 al 2009
Víctor Manuel Ortiz-Gálvez,José Franklin Esquivel-Izquierdo,Andrea Ellis-Irigoyen,Gonzalo Antonio Neme-Díaz
Salud en Tabasco , 2010,
Abstract: El cáncer infantil surge por alteraciones en su material genético y se clasifica principalmente en carcinoma, sarcoma y leucemia o linfoma, este tipo de enfermedades constituyen, despues de los accidentes, la segunda causa de muerte en países desarrollados y representan el 2% de los tumores humanos. El objetivo de esta investigación fue determinar la frecuencia de enfermedades neoplásicas infantiles en el Hospital Regional de Alta Especialidad del Ni o "Dr. Rodolfo Nieto Padrón". Se desarrolló un estudio observacional, descriptivo y retrospectivo de 245 casos atendidos en el área de oncología, de los cuales se obtuvieron los siguientes datos: tipo de neoplasia, edad, sexo y procedencia, para el análisis estadístico se utilizó el software Statistica version 9. De los 245 pacientes, 108 fueron ni as y 137 ni os, con edad promedio de 7.3±3.8 a os. El grupo de enfermedades más frecuentes fueron las Leucemias 53.1% (n=130) seguida de los Tumores del Sistema Nervioso Central 12.3% (n=30) y Linfomas 8.6% (n=21); las menos frecuentes fueron los Carcinomas y Neoplasias Epiteliales 1.2% (n=3) y Tumores Hepáticos 0.9% (n=2). Respecto a la edad encontramos que el grupo más afectado fue el de 1 a 5 a os 44.1% (n=108) seguido del grupo de 6 a 10 a os con 29.8% (n=73). El estado con mayor número de casos fue Tabasco 69.8%, seguido de la zona norte de Chiapas con 23.3%. Reportes previos en diferentes países indican que las frecuencias de las neoplasias infantiles siguen un patrón Estadounidense- Europeo lo cual coincide con los resultados encontrados en este estudio.
Criterio profesional acerca del error médico
Gálvez Cabrera,Elisa; Gálvez Cabrera,Marta; Santiesteban Díaz,Marisel; Morales Ponce,Leonel;
Revista Cubana de Medicina General Integral , 1998,
Abstract: it is demonstrated the lack of knowledge existing among health profesionals about certain aspects of medical ethics, in spite of their extraordinary importance. a survey model is designed and applied to different doctors working at the primary and secondary health care level at the municipality of plaza de la revolución, in havana city. the results obtained corroborate our hypothesis: just one third of the doctors who participated in the survey, despite their years of experience and the high qualification in general of the sample, answered satisfactorily. other interesting conclusions derived from the analysis of the results are offered
Criterio profesional acerca del error médico
Elisa Gálvez Cabrera,Marta Gálvez Cabrera,Marisel Santiesteban Díaz,Leonel Morales Ponce
Revista Cubana de Medicina General Integral , 1998,
Abstract: Se demuestra el desconocimiento que de determinados aspectos de la ética médica existe en los profesionales de la salud, a pesar de la extraordinaria importancia que éstos tienen. Se dise a un modelo de encuesta que se aplica a diferentes médicos que brindan asistencia en la atención primaria y secundaria del municipio Plaza de la Revolución en la Ciudad de La Habana; se obtiene resultados que corroboran nuestra hipótesis: sólo la tercera parte de los médicos encuestados, a pesar de sus a os de experiencia y de la alta calificación en general de la muestra seleccionada, responde satisfactoriamente la encuesta. Se ofrecen otras conclusiones en el análisis de los resultados del trabajo que resultan de gran interés It is demonstrated the lack of knowledge existing among health profesionals about certain aspects of medical ethics, in spite of their extraordinary importance. A survey model is designed and applied to different doctors working at the primary and secondary health care level at the municipality of Plaza de la Revolución, in Havana City. The results obtained corroborate our hypothesis: just one third of the doctors who participated in the survey, despite their years of experience and the high qualification in general of the sample, answered satisfactorily. Other interesting conclusions derived from the analysis of the results are offered
Epidemiología de la neutropenia febril en pacientes adultos con neoplasia hematológica, en un período de 26 meses en el Hospital Pablo Tobón Uribe, Colombia Epidemiology of febrile neutropenia in adult patients with hematologic neoplasms in a period of 26 months in Hospital Pablo Tobón Uribe, Colombia
Camilo Madrid,Laura Díaz,Juan Combariza,Kenny Gálvez
Revista chilena de infectología , 2013,
Abstract: Introducción: La neutropenia febril (NF) es un efecto adverso importante post-quimioterapia por su alta morbi-mortalidad. Hay pocos estudios en nuestro entorno con estos pacientes. Objetivo: Describir las características de los pacientes adultos con neoplasia hematológica que desarrollaron NF post-quimioterapia. Metodología: Estudio descriptivo de serie de casos, en pacientes con neoplasia hematológica y NF post-quimioterapia en el Hospital Pablo Tobón Uribe. Resultados: Ciento un episodios de NF en 43 pacientes con una mediana de edad de 44 a os. El 63,5% no tenían foco infeccioso clínico aparente al ingreso, 11,8% tenía compromiso de tejidos blandos y 8,9% foco urinario. Se documentó bacteriemia primaria en 42 (41,5%) y bacteriemia asociada al catéter en 4 (3,96%). Los microorganismos más frecuentes fueron Escherichia coli 43,4%, Klebsiella pneumoniae 17,3% y Staphylococcus aureus 8,69%. De los aislados en sangre, 84,7% fueron bacilos gramnegativos y 15,2% cocáceas grampo-sitivas. Piperacilina/tazobactam fue la antibioticoterapia empírica inicial en 81,1% de los episodios. La mortalidad por episodios de NF fue de 7,92%, en 62,5% atribuible a la infección y en el resto a progresión de la neoplasia hematológica con resolución de la NF. Conclusión: Serie de casos de NF con características microbiológicas que difieren significativamente a los países desarrollados, pero con una mortalidad por episodios similar. Background: Febrile neutropenia (FN) is a significant adverse effect post-chemotherapy due to its high morbidity and mortality. There are few studies in our country with these kind of patients. Objective: To describe the characteristics and mortality in patients with hematologic neoplasms who developed FN post-chemotherapy. Methodology: A descriptive case series in patients with hematologic neoplasms who developed FN post-chemotherapy in Hospital Pablo Tobón Uribe. Results: 101 episodes of FN in 43 patients. The median age was 44 years. 63.5% of patients had no apparent clinical focus of infection at admission, 11.8% had soft tissue compromise and 8.9% urinary tract infection. Bacteremia was documented in 41.5% and catheter-associated bacteremia in 3.9%. The most common organisms were Escherichia coli 43.4%, Klebsiella pneumoniae 17.3% and Staphylococcus aureus 8.6%. Of those isolated in blood 84.7% were Gram negative rods and 15.2% were Gram positive bacteria. Piperacillin/tazobactam was the most common empirically prescribed antibiotic (81.1%). Mortality of FN episodes occurred in 8 (7.92%) patients, 5 (62.5%) attributable to infection and 3 (37.5
Hábito de fumar en la adolescencia al nivel comunitario
álvarez Valdés,Neiza; Gálvez Cabrera,Elisa; Díaz Garrido,Dayamí;
Revista Cubana de Medicina General Integral , 2007,
Abstract: considering adolescence like the more susceptible stage to develop addiction, and washing an increment of smoker adolescents in health area, we propose to characterize smoking in adolescent seen in basic work group of “marcio manduley” polyclinic in 2006, by means of a descriptive and transversal study made in 402 adolescent aged between 11 y 14, fulfilling inclusion and exclusion criteria. we used the main instrument, world survey on nicotinism in youth (gyts 2001), where adolescents are classified as smokers and non-smokers, it is estimated a prevalence of 14.2 % of smokers, with a predominance of male sex and aged 13. purchase of drug (cigarette) in shops or street sellers, and its consumption in homes. it was obvious a high rate of challenge to environmental tobacco smoke as well a high rate of family members smokers of pupils. active smokers are classified in most of them in low physical dependent, and with a high motivation to abandon smoking. we conclude that smoking in adolescence is a high prevalence health problem in study population that is why it is necessary a active social and community involvement considering that integral care to adolescent is a critical link in equilibrium of community health.
Evaluación nutricional del ni o con diarrea funcional Nutritional evaluation of the child with functional diarrhea
Tamara Díaz Lorenzo,Yariela Sánchez Azahares,Trini Fragoso Arbero,Marta Cardona Gálvez
Revista Cubana de Pediatr?-a , 2007,
Abstract: La diarrea funcional se presenta con frecuencia en la práctica pediátrica y generalmente no se asocia a alteraciones nutricionales, pero sí a esquemas dietéticos incorrectos. Con el objetivo de determinar la evaluación nutricional de los ni os con este tipo de afección, y la influencia de la dieta en la aparición de la enfermedad, se realizó un estudio descriptivo transversal con 44 ni os menores de 36 meses de edad, que fueron atendidos entre el 2003 y el 2005 en la consulta de gastroenterología del Hospital Pediátrico Universitario Pedro Borrás Astorga. Según los Criterios de Roma II, el diagnóstico correspondiente fue el de diarrea funcional. No hubo afectación nutricional relevante. La evaluación dietética demostró una alimentación no saludable, debida fundamentalmente al consumo poco variado, no equilibrado ni adecuado de los alimentos, que contribuyó a la génesis de las diarreas. Functional diarrhea appears frequently in the pediatric practice and it is not generally associated with nutritional disorders, but with inappropriate diet schemes. In order to determine the nutritional evaluation of the children with this type of affection, and the influence of the diet on the appearance of the disease, a cross-sectional descriptive study was conducted among 44 children under 36 months old that received attention at the gastroenterology office of “Pedro Borras Astorga” University Pediatric Hospital between 2003 and 2005. According to the criteria of Rome II, they were diagnosed functional diarrhea. No significant nutritional affection was observed. The dietetic evaluation showed an unhealthy nutrition that contributed to the genesis of the diarrea.
Hábito de fumar en la adolescencia al nivel comunitario Smoking in adolescence at a community level
Neiza álvarez Valdés,Elisa Gálvez Cabrera,Dayamí Díaz Garrido
Revista Cubana de Medicina General Integral , 2007,
Abstract: Considerándose la adolescencia como la etapa más susceptible a desarrollar una adicción y observándose un incremento de los adolescentes fumadores en el área de salud, se propone caracterizar el hábito de fumar en los adolescentes atendidos por un Grupo Básico de Trabajo del Policlínico “Marcio Manduley”, en el a o 2006, a través de un estudio descriptivo de índole transversal en el que se investiga a 402 adolescentes de entre 11 y 14 a os de edad que cumplen con los criterios de inclusión y exclusión. Se utiliza como principal instrumento la Encuesta Mundial sobre Tabaquismo en Jóvenes (GYTS 2001), donde se clasifican los adolescentes en fumadores y no fumadores, se estima una prevalencia de 14,2 % de fumadores, con predominio del sexo masculino y de la edad de 13 a os. Se destaca la adquisición de la droga (cigarro) en tiendas o vendedores callejeros y su consumo en los hogares. Se constata una alta exposición al humo del tabaco ambiental, así como un elevado índice de familiares fumadores que conviven con los escolares. Se clasifican los fumadores activos, en su mayoría, en bajos dependientes físicos, y con alta motivación por dejar de fumar. Se concluye que el hábito de fumar en la adolescencia es un problema de salud de alta prevalencia en la población estudiada, por lo que se hace necesaria una activa participación social y comunitaria, teniendo en cuenta que la atención integral al adolescente constituye un eslabón medular en el equilibrio de la salud comunitaria. Considering adolescence like the more susceptible stage to develop addiction, and washing an increment of smoker adolescents in health area, we propose to characterize smoking in adolescent seen in Basic Work Group of “Marcio Manduley” Polyclinic in 2006, by means of a descriptive and transversal study made in 402 adolescent aged between 11 y 14, fulfilling inclusion and exclusion criteria. We used the main instrument, World Survey on Nicotinism in Youth (GYTS 2001), where adolescents are classified as smokers and non-smokers, it is estimated a prevalence of 14.2 % of smokers, with a predominance of male sex and aged 13. Purchase of drug (cigarette) in shops or street sellers, and its consumption in homes. It was obvious a high rate of challenge to environmental tobacco smoke as well a high rate of family members smokers of pupils. Active smokers are classified in most of them in low physical dependent, and with a high motivation to abandon smoking. We conclude that smoking in adolescence is a high prevalence health problem in study population that is why it is necessary a active social
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