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刺芹侧耳谷氨酰胺合成酶编码基因克隆和表达分析
程向阳,王莹,,谭琦
菌物学报 , 2014, DOI: 10.13346/j.mycosystema.140130
Abstract: 谷氨酰胺合成酶(GS)是真菌氮素同化代谢和谷氨酸合成中的关键酶,采用3’RACE和5’RACE实验技术,克隆获得刺芹侧耳(杏鲍菇)谷氨酰胺合成酶编码基因(PE-GS)全长序列,长度为1271bp,具有4个内含子和5个外显子,编码353个氨基酸残基。系统进化树分析表明,刺芹侧耳PE-GS与糙皮侧耳GS在分子进化关系上相近。通过realtimeRT-PCR方法对PE-GS基因在刺芹侧耳基质菌丝体和子实体中的表达情况进行了分析,结果表明,刺芹侧耳PE-GS基因在子实体具有较高的表达水平,这暗示刺芹侧耳PE-GS基因在子实体的氮素代谢中可能承担重要功能。
美味牛肝菌全基因组SSR位点的分布规律研究
王莹,陈明杰,汪虹,
菌物学报 , 2015, DOI: DOI:10.13346/j.mycosystema.140020
Abstract: 研究利用生物信息学方法对美味牛肝菌全基因组中的SSR位点进行了统计分析,并与其他3种担子菌基因组(灰盖鬼伞、裂褶菌、糙皮侧耳)进行了比较。结果表明,在美味牛肝菌基因组中存在2732个SSR位点,SSR间的平均距离为17.1kb。73.02%的SSR位点分布在基因组中的非编码区,并以单核苷酸和三核苷酸重复类型为主。分布于5¢或3¢非编译区的SSR的相对丰度最高,为86个/Mb,而分布于编码序列的SSR相对丰度最低,为31个/Mb。同时,高通量筛选出41个长SSR位点设计引物并通过e-PCR进行了验证。最后通过与其他3种担子菌基因组相比,发现SSR数量与基因组大小无关,SSR类型都以短重复类型(单核苷酸至三核苷酸)为主,比较发现美味牛肝菌基因组中的SSR位点数量相对较多,密度也较高。
用荧光染色法对柱状田头菇(Agrocybe aegerita)子实体担子和担孢子的观察
,王南,谭琦,潘迎捷
南京农业大学学报 , 2000, DOI: 10.7685/j.issn.1000-2030.2000.03.015
Abstract: 运用荧光染色方法对4株不同地域来源的柱状田头菇子实体的担子和担孢子进行了观察。结果显示,来自欧洲希腊的Ag8、中国四川省的Ag10和台湾省的AgT菌株的有性繁殖结构特征是4孢双核;而来自贵州省的Ag9菌株的有性繁殖结构特征是双孢4核。这种4核现象首次在蕈菌中观察到
草菇子代单孢菌株的菌落类型与A因子分布规律研究
薛承琴,周慧敏,汪虹,,陈明杰
菌物学报 , 2013,
Abstract: 根据菌株在培养皿中的生长情况,草菇V23的124个单孢分离菌株可分为气生型和匍匐型两大类,气生型菌株为44株,匍匐型菌株为80株。根据草菇A因子相关特异性分子标记,PCR验证单孢萌发菌株的A因子中的A1、A2分子标记的分布情况,探讨了A因子与不同菌落形态的相关性。试验结果表明:124株菌株中,同核体101株,异核体为23株,所占比例分别为81.45%和18.55%。气生型的草菇单孢菌株A1因子为20株,占气生型菌株比例为45.45%,气生型的草菇单孢菌株A2因子为15株,其比例为34.09%;匍匐型的草菇单孢菌株A1因子为15株,占匍匐型菌株比例为18.75%,匍匐型的草菇菌株A2因子为51株,其比例为63.75%,未能发现A因子与菌落形态之间的明显相关性。选用不同A因子,不同菌落表型的草菇菌株相互交配,经PCR筛选,获得20株真正的杂交菌株,杂交菌株的菌落形态气生型与匍匐型占的比例为1:1。表明只要气生型菌丝参与杂交,其杂交菌株的菌落形态则是以气生型为主;匍匐型与匍匐型杂交后的菌丝也不全是气生型,而是以匍匐型为优势群体。选取8株杂交菌株进行岀菇,只有1株产生子实体。
草菇聚酮合酶编码基因vv-alb的克隆及其表达的初步分析
林楠,茅文俊,汪虹,冯爱萍,
菌物学报 , 2012,
Abstract: 聚酮化合物(polyketides)是一类庞大的次级代谢家族,聚酮合酶(polyketidesynthase,PKS)是介导聚酮化合物生物合成的关键酶。通过巢氏简并PCR与染色体步行的方法,获得了草菇中的编码PKS的基因vv-alb的全长序列,并通过荧光实时定量RT-PCR方法对vv-alb基因在草菇不同生长阶段与不同部位的表达情况进行了初步分析,为进一步研究PKS在草菇和其他食用真菌生物代谢过程中的作用奠定了一定的基础。
草菇锰过氧化物酶编码基因生物信息学分析及其转录水平和酶活性的测定
朱刚,吴林,陈明杰,汪虹,谭琦,
菌物学报 , 2013,
Abstract: 在草菇全基因组中发现了4个担子菌锰过氧化物酶MnP基因同源物(vv-mnp1、vv-mnp2、vv-mnp3和vv-mnp4)的基础上,对这4个MnP进行了生物信息学分析,并对其基因表达和酶活性进行测定。结果表明vv-mnp1与vv-mnp2基因结构相同,vv-mnp3与vv-mnp4基因结构相似。在4个草菇MnP基因启动子区域存在AP-2、cAMP、MRE、XRE和HSE等调控元件,预示着草菇中MnP基因的转录可能会受到氮源、碳源、重金属离子、芳香族化合物以及热击的影响。草菇MnP具有信号肽,不存在跨膜区域,表明其是分泌蛋白。草菇MnP中形成4个二硫键的8个半胱氨酸、潜在的锰离子和钙离子结合位点,在担子菌MnP中高度保守。系统进化树分析显示草菇MnP1和MnP2与香菇MnP1亲缘关系最近,而MnP3和MnP4与灰盖鬼伞过氧化物酶有较近的亲缘关系。RT-PCR检测到vv-mnp1、vv-mnp3与vv-mnp4能在含锰离子的培养基中表达,但运用锰离子氧化法没有检测到MnP活性,推测草菇中的MnP不具有将Mn2+氧化成Mn3+的能力。
草菇丝裂原活化蛋白质激酶编码基因VV-MAPK的克隆和序列分析
汪虹,,陈明杰,陈辉,林楠,茅文俊
菌物学报 , 2010,
Abstract:
草菇基因组中11个漆酶同源基因的生物信息学分析及铜离子对其表达的影响
吴林,朱刚,陈明杰,汪虹,
菌物学报 , 2014, DOI: 10.13346/j.mycosystema.130231
Abstract: 通过分析草菇基因组中11个漆酶同源基因所编码的蛋白的性质、转录调控元件和测定铜离子存在条件下的草菇漆酶活性及11个漆酶基因的转录水平,揭示了草菇漆酶基因的各自特性、差异以及基因功能与进化机制。分析表明,这11个漆酶同源基因编码的蛋白具有508–562aa个氨基酸,分子量和理论等电点分别为56.25–60.75kDa和4.51–6.18(未经翻译后修饰),且都具有真菌漆酶铜离子结合区域的特征序列、4个能够结合催化底物的环形结构以及信号肽序列,都属于分泌性的胞外蛋白,但其底物结合位点数目、loop序列的一致性、跨膜区域数目和位置以及信号肽位置等存在较大差异。草菇11个漆酶起始密码子上游2000bp的序列中含有真核生物的基本转录调控元件(TATA-box,CAAT-box及GC-box)和多个潜在的调控元件(MRE、XRE、STRE、HSE、ARE、TRE、NIT元件等),但每个基因所含调控元件数目及种类各有不同。在液体培养条件下,铜离子能够诱导除vv-lac2、vv-lac3和vv-lac7之外的其余8个草菇漆酶基因的表达,且适宜浓度的铜离子有助于草菇漆酶活性的增加。
香菇B交配型位点的分子遗传学结构研究I.信息素受体和信息素前体编码基因的克隆和序列分析
李苏,,陈明杰,张美彦,潘迎捷
菌物学报 , 2009,
Abstract: 本研究结合简并PCR和染色体步行两种方法研究了香菇135菌株的交配型B位点的分子遗传学结构。从135菌株的原生质体单核体1号菌株中获得了1个信息素受体编码基因LErcb1-B1和1个信息素前体编码基因LEphb1-B1。经序列比对分析,香菇的信息素受体LErcb1-B1序列与灰盖鬼伞和裂褶菌的信息素受体之间具有同源性,经SOSUI软件分析该序列具有7次跨膜结构特征。信息素前体LEphb1-B1具有CaaX基序特征。
运用基因枪法进行蛹虫草遗传转化的研究
茅文俊*,*,周陈力,李燕,谭琦,汪滢**
园艺学报 , 2015, DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0145
Abstract: 采用蛹虫草[cordycepsmilitaris(l.)link]野生型菌株cm01为供试材料,以金粉包裹质粒pdht-gpda-gfp-bar,运用基因枪法转化,经草铵膦抗性筛选,最终在靶距离6cm或9cm,氦气压力7.58×106pa或8.96×106pa条件下,获得2个遗传稳定的转化子gfp2与gfp3,转化效率为0.4cfu?μg-1。pcr鉴定与southern杂交分析显示,草铵膦抗性基因bar已经以单拷贝或者多拷贝方式整合到蛹虫草转化子的基因组中。蛹虫草转化子的菌丝在荧光显微镜下可以观测到绿色荧光,表明载体携带的绿色荧光蛋白基因在蛹虫草转化子中得到表达。研究结果表明可以把基因枪法应用于真菌蛹虫草,建立了一种简便有效的遗传转化方法,而转化效率需要通过优化基因枪参数设置、受体材料制备等途径进一步提高。
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