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Foreword
引言

小红
色谱 , 2010,
Abstract: 蛋白质组是指一个有机体的基因组所表达的全部蛋白质。蛋白质组学是研究有机体蛋白质的组成及其变化规律的科学。蛋白质组成的高度复杂性和随时间、空间变化的特点,对蛋白质组的研究技术和方法提出了巨大挑战。色谱作为现代分离科学的核心技术之一,在蛋白质组研究中发挥了重要作用。我们可以通过对组织、细胞或体液中成千上万种蛋白质/多肽的色谱预分离,降低样本的复杂程度,提高蛋白质的鉴定率;我们可以通过亲和色谱对翻译后修饰的蛋白质/多肽进行特异性富集分离,去除非修饰的蛋白质/多肽,实现修饰蛋白的成功鉴定;我们还可以通过色谱质谱联用技术,获得蛋白质/多肽在色谱分离中的保留时间或峰面积,实现蛋白质的规模化定量与鉴定等。 为了集中展示我国科学家在色谱技术及其在蛋白质组学研究中的应用方面所取得的成果,《色谱》杂志特此在2010年第2期编辑出版了“色谱技术在蛋白质组学研究中的应用”专栏。我们邀请了在该领域具有突出成绩或学术造诣的部分专家、学者撰写了相关的学术论文和综述。希望通过这些文章所介绍的工作,为进一步提高色谱技术在蛋白质组学研究中的应用水平,推动我国蛋白质组学的发展和取得创新性的研究成果作出贡献。
基于行人专用相位的交叉口信号控制优化模型
大琳,小红
中国公路学报 , 2013,
Abstract: ?为解决未饱和状态下绿灯末期机动车与慢行交通之间的冲突,针对道路等级相差较大的两相位信号控制交叉口,在机动车信号灯兼控行人方案的基础上,对行人专用相位进行修改,提出了一种新的交叉口信号控制方案,并给出了该方案下行人过街延误计算模型以及信号配时参数优化模型,最后运用VISSIM仿真软件对北京市东直门外大街与三里屯路交叉口进行了模拟分析。结果表明:当次干道行人进口道慢行交通流量较大时,车均延误与慢行交通平均延误分别比实测数据降低约15.6%与4%,方案可行有效。
磷酸化蛋白质分析技术在蛋白质组研究中的应用
王京兰,小红
分析化学 , 2005,
Abstract: 磷酸化修饰蛋白质的分析是蛋白质组研究中的重要内容。对于目前磷酸化蛋白质分析所涉及的各种方法,包括放射性同位素标记,抗体免疫印记等传统方法和以串联质谱各种扫描技术为基础,结合亲和提取、液相色谱-质谱联用等手段的新技术、新方法,以及这些技术在磷酸化蛋白质组学中的应用予以评述。
蛋白质组研究的技术体系及其进展
成海平?,小红
生物化学与生物物理进展 , 2000,
Abstract: 随着后基因组时代的到来,蛋白质组研究越来越受到国内外科学工作者的密切关注,我国国家自然科学基金委员会已把蛋白质组研究列为重大科研项目.概述了蛋白质组研究中的基本技术,包括双向凝胶电泳的样品制备和分离、蛋白质的检测、凝胶图像分析、蛋白质的鉴定以及蛋白质数据库构建等,并就蛋白质鉴定的常用方法如氨基酸组成分析方法、蛋白质末端序列分析、肽质量指纹谱作了详细阐述.直观地列出了蛋白质组研究的技术体系流程图,着重介绍了蛋白质组研究的最新技术及其进展.
网格修补的特征配准方法
归平,小红,潘瑞芳
中国图象图形学报 , 2015, DOI: 10.11834/jig.20150910
Abstract: 目的网格重建和编辑会产生几何特征缺失的模型,填补这些空洞具有重要的意义。为了克服复杂曲面修补中网格融合难以配准的问题,提出了环驱动球坐标结合基于曲率及法向ICP(iterativeclosestpoint)迭代配准的网格修补方法。方法首先用户查找合适的源网格面片放入空洞处周围;然后对目标网格空洞环建立B样条曲线,将带修补网格包边界置于B样条曲线上,构架环驱动球坐标,将源网格变形初步配准目标网格空洞周围领域;最后使用Laplacian光顺并基于网格曲率及法向进行ICP迭代配准,使源网格与目标网格光滑拼接融合。结果该方法能够有效修补网格空洞缺失的细节特征,并且拼接处光滑连续。结论环驱动球坐标配准避免了网格变形的包围网格笼子构造,再通过ICP迭代精确配准网格,和以往的网格修补方法相比,该方法能够很好地修补网格空洞处细节特征。
亲水相互作用色谱结合串联质谱多重碎裂模式在完整糖肽研究中的应用
江静,应万涛,小红
分析化学 , 2014, DOI: 10.3724/SP.J.1096.2014.30310
Abstract: 蛋白质的糖基化修饰在生理及病理过程中发挥着重要作用。由于技术条件的限制,传统的糖蛋白分析方法中,通常分别鉴定蛋白质和糖链两者的结构,而忽略了蛋白质与糖链的连接关系。本研究旨在以完整糖肽作为检测对象,对糖肽中肽段序列和糖链结构的同步解析。采用亲水相互作用色谱对完整糖肽进行分离纯化,联合生物质谱中碰撞诱导解离(CID)、高能诱导解离(HCD)、电子转移解离(ETD)等裂解模式,对完整糖肽的糖基化位点、糖链结构、肽段序列等进行全方面的解析。结果表明,亲水相互作用色谱中样品与填料比1:50可有效富集糖肽,采用30%CID能量,主要产生糖苷键断裂的碎片,为糖链的结构组成分析提供了线索;采用25%HCD能量,在低分子量区域提供了糖链的特征离子信息,并产生明确的糖肽Y1特征离子;ETD保留了完整的修饰基团而产生肽段骨架的断裂,可以提供有效的肽段序列信息。本研究结合亲水相互作用色谱与质谱仪中的多种碎裂方式,为完整糖肽的结构解析提供了一种快速、有效的研究方案。
蛋白质组技术的研究进展
杨何义,应万涛,小红
自然科学进展 , 2002,
Abstract: 基因组学的研究已从结构基因组学转移到功能基因组学上来.以大规模分析蛋白质作为其主要内容的蛋白质组是功能基因组学研究的一个主要内容.综述了蛋白质组研究所使用的主要技术,包括:二维凝胶电泳技术、质谱技术、蛋白质芯片技术、蛋白质复合物纯化技术、酵母双杂交技术、嗜菌体显示技术.
Theory and Application of Affinity Capillary Electrophoresis
亲和毛细管电泳技术及其应用

Wang Jinglan,Qian Xiaohong,
王京兰
,小红

色谱 , 1999,
Abstract: Affinity capillary electrophoresis (ACE) is a technique for studying receptor-ligand interactions.ACE experiments are based on the different values of electrophoretic mobility of free and bound receptor.ACE can be introduced to many capillary electrophoresis models, such as CZE, MECC, CIEF, CGE etc. It's applications include immunoassays, determining the binding constants of formed complexes, screening libraries for lead compounds, sequence-specific and base composition-specific recognition of oligodeoxynucleotide etc.
毛细管区带电泳监测牛胰岛素的去折叠过程
董标,董方霆,王京兰,小红
分析化学 , 2001,
Abstract: 用毛细管区带电泳监测了二硫苏糖醇作用下二硫键还原引起的牛胰岛素去折叠全过程,同时用离线的基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱配合确证.从毛细管电泳谱图能直接观察胰岛素去折叠过程中发生的变化,获得蛋白质去折叠信息.结果表明,毛细管区带电泳作为监测蛋白质构象变化的一种有效手段,方法简便、快速、灵敏度高、样品消耗量少.
蛋白质组学研究中傅立叶变换离子回旋共振质谱数据采集方法的比较
曾家伟,贾伟,应万涛,小红
分析化学 , 2010,
Abstract: 探讨了线性离子阱-傅立叶变换离子回旋共振质谱(LTQ-FT)的数据采集模式对蛋白质组鉴定结果的影响,比较和分析了针对不同复杂程度样本的最佳采集模式。对于α-乳清蛋白4种标准蛋白质酶切肽段混合物的简单体系,在傅立叶变换离子回旋共振腔中选3个最强母离子进行选择离子监测扫描后,再实施二级碎裂的方法(SIM3)得到的肽段覆盖率,分别是直接选10个最强母离子进行二级碎裂(FT10)方法得到的肽段覆盖率的1.5~1.9倍。另外,对酵母蛋白酶切肽段混合物的复杂体系鉴定时,只采集双电荷和三电荷母离子进行二级扫描的方法(FT10_23)比单电荷、双电荷和三电荷都采集的方法(FT10_23)得到的图谱鉴定成功率提高64.1%。实验还对不同数据采集模式下图谱的特点进行了考察。本研究表明,针对不同复杂程度的样本,应采取不同的质谱数据采集方法。
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