oalib

OALib Journal期刊

ISSN: 2333-9721

费用:99美元

投稿

时间不限

2016 ( 24 )

2015 ( 1482 )

2014 ( 1695 )

2013 ( 1733 )

自定义范围…

匹配条件: “蛋白质互作” ,找到相关结果约26370条。
列表显示的所有文章,均可免费获取
第1页/共26370条
每页显示
基于全局角度网络策略的复杂疾病风险通路识别
邓莉莉?,许艳军?,张春龙?,姚茜岚?,冯丽?,李春权?
生物化学与生物物理进展 , 2015,
Abstract: 复杂疾病的发生发展与机体内生物学通路的功能紊乱有密切联系,从高通量数据出发,利用计算机辅助方法来研究疾病与通路间的关系具有重要意义.本文提出了一个新的基于网络的全局性通路识别方法.该方法利用蛋白质互作信息和通路的基因集组成信息构建复杂的蛋白质-通路网.然后,基于表达谱数据,通过随机游走算法从全局层面优化疾病风险通路.最终,通过扰动方式识别统计学显著的风险通路.将该网络运用于结肠直肠癌风险通路识别,识别出15个与结肠直肠癌发生与发展过程显著相关的通路.通过与其他通路识别方法(超几何检验,spia)相比较,该方法能够更有效识别出疾病相关的风险通路.
人类蛋白质结构互作网络——结构域对网络拓扑与蛋白质功能的影响
陈丽娜?,王倩?,尚玉奎?,张良才?,孙钊?,何伟明?,赵研?,李琬?,王宏?,何月涵?,李霞?
生物化学与生物物理进展 , 2010,
Abstract: 高通量的蛋白质互作数据与结构域互作数据的出现,使得在蛋白质组学领域内研究人类蛋白质结构互作网络,进一步揭示蛋白质结构与功能间的潜在关系成为可能.蛋白质上广泛分布的结构域被认为是蛋白质结构、功能以及进化的基本功能单元.然而,结合蛋白质的结构信息(例如蛋白质结构域数目、长度和覆盖率等)来研究这些表象后的内部机制仍然面临着挑战.将蛋白质分为单结构域蛋白质与多结构域蛋白质,并进一步结合蛋白质互作信息与结构域互作信息构建了人类蛋白质结构互作网络;通过与人类蛋白质互作网络进行比较,研究了人类蛋白质结构互作网络的特殊结构特征;对于单结构域蛋白质与多结构域蛋白质,分别进行了功能富集分析、功能离散度分析以及功能一致性分析等.结果发现,将结构域互作信息综合考虑进来后,人类蛋白质结构互作网络可以提供更多的单纯的蛋白质互作网络无法提供的细节信息,揭示蛋白质互作网络的复杂性.
基于网络特征的药物靶蛋白识别
朱明珠,高磊,李霞,刘志成
中国科学 生命科学 , 2008,
Abstract: 蛋白质很少孤立得发挥作用,往往通过网络中彼此互作来共同行使功能.因此分析药物靶蛋白在生物学网络中的性质将十分有助于从信息学角度理解药物的作用机制.但目前尚无研究对药物靶蛋白在人类蛋白质互作网络中的拓扑特性给与具体的分析和描述.本文首先将药物靶蛋白映射到人类蛋白质互作网络中,进而分析了药物作用靶蛋白在互作网络中的5种拓扑指标,并与互作网络中全蛋白质组集合及非药物靶点集合的拓扑指标进行了对比.结果显示,药物靶蛋白之间具有更高的连通性,信息能够得到更快得传递.基于这些拓扑特征,将互作网络中的所有蛋白进行排序.发现排序在前100位的蛋白中有48个是Drugbank中记录的药物靶点,另外的52个蛋白中有9个蛋白已在TTD,Matador等数据库中被记录为药物靶点,还有部分蛋白通过文献检索被证实为药物靶点.
基于网络特征的药物靶蛋白识别
朱明珠,高磊,李霞,刘志成
中国科学 生命科学 , 2008,
Abstract: 蛋白质很少孤立得发挥作用,往往通过网络中彼此互作来共同行使功能.因此分析药物靶蛋白在生物学网络中的性质将十分有助于从信息学角度理解药物的作用机制.但目前尚无研究对药物靶蛋白在人类蛋白质互作网络中的拓扑特性给与具体的分析和描述.本文首先将药物靶蛋白映射到人类蛋白质互作网络中,进而分析了药物作用靶蛋白在互作网络中的5种拓扑指标,并与互作网络中全蛋白质组集合及非药物靶点集合的拓扑指标进行了对比.结果显示,药物靶蛋白之间具有更高的连通性,信息能够得到更快得传递.基于这些拓扑特征,将互作网络中的所有蛋白进行排序.发现排序在前100位的蛋白中有48个是Drugbank中记录的药物靶点,另外的52个蛋白中有9个蛋白已在TTD,Matador等数据库中被记录为药物靶点,还有部分蛋白通过文献检索被证实为药物靶点.
水氮互作对小麦籽粒蛋白质组分和品质的影响
王小燕,于振文
麦类作物学报 , 2009, DOI: 10.7606/j.issn.1009-1041.2009.04.017
Abstract: 为了给强筋小麦高产优质高效栽培提供理论依据,以高产强筋小麦品种济麦20为材料,研究了施氮量和灌溉量对小麦籽粒蛋白质组分和品质的影响。结果表明,施氮量由120kg·ha-1(N1)增加至240kg·ha-1(N2),籽粒蛋白质含量、清蛋白和球蛋白含量增加,(醇溶蛋白+麦谷蛋白含量)/(清蛋白+球蛋白含量)比值(谷醇/清球比值)降低,面团稳定时间缩短。同一施氮量条件下,由不灌水(W0)到灌2水(W1),籽粒蛋白质含量增加,谷醇/清球比值降低,面团稳定时间缩短;由灌2水(W1)到灌3水(W2)和5水(W3),籽粒蛋白质含量降低,蛋白质组分中清蛋白和球蛋白含量升高,醇溶蛋白和麦谷蛋白含量降低,谷醇/清球比值降低,面团稳定时间亦缩短。以上结果表明,在本试验条件下,增加施氮量和灌水量导致面团稳定时间缩短,原因是清蛋白和球蛋白占总蛋白含量的比例,即谷醇/清球比值降低。
水氮互作对小麦籽粒蛋白质组分和品质的影响
王小燕,于振文
麦类作物学报 , 2009, DOI: 10.7606/j.issn.1009-1041.2009.03.107
Abstract: 为了给强筋小麦高产优质高效栽培提供理论依据,选用高产强筋小麦品种济麦20为材料,研究了施氮量和灌溉量对小麦籽粒蛋白质组分和品质的影响.结果表明,施氮量由120kg/ha(N1)增加至240kg/ha(N2),籽粒蛋白质含量、清蛋白和球蛋白含量增加(醇溶蛋白+麦谷蛋白含量)/(清蛋白+球蛋白含量)比值(谷醇/清球比值)降低,面团稳定时间降低.同一施氮量条件下,由不灌水(W0)到灌2水(W1),籽粒蛋白质含量增加,谷醇/清球比值降低,面团稳定时间缩短;由灌2水(W1)到灌3水(W2)和5水(W3),籽粒蛋白质含量降低,蛋白质组分中清蛋白和球蛋白含量升高,醇溶蛋白和麦谷蛋白含量降低,谷醇/清球比值降低,面团稳定时间亦缩短.试验结果表明,在本试验条件下,增加施氮量和灌水量导致面团稳定时间缩短,其原因是清蛋白和球蛋白占总蛋白含量的比例,即谷醇/清球比值降低.
结合蛋白质互作与基因表达谱信息大范围预测蛋白质的精细功能
高磊,李霞,郭政,朱明珠,李彦辉,饶绍奇
中国科学 生命科学 , 2006,
Abstract: GESTs(gene expression similarity and taxonomy similarity)是结合基因表达相似性和基因功能分类体系Gene Ontology(GO)中的功能概念相似性测度进行功能预测的新方法.将此预测算法推广应用于蛋白质互相作用数据,并提出了几种在蛋白质互作网络中为功能待测蛋白质筛选邻居的方法.与已有的其它蛋白质功能预测方法不同,新方法在学习过程中自动地从功能分类体系中的各个功能类中选择最合适的尽可能具体细致的功能类,利用注释于其相近功能类中的互作邻居蛋白质支持对此具体功能类的预测.使用MIPS提供的酵母蛋白质互作信息与一套基因表达谱数据,利用特别针对GO体系结构层次特点设计的3种测度,评价对GO知识体系中的生物过程分支进行蛋白质功能预测的效果.结果显示,利用文中的方法,可以大范围预测蛋白质的精细功能.此外,还利用此方法对2004年底Gene Ontology上未知功能的蛋白质进行预测,其中部分预测结果在2006年4月发布的SGD注释数据中已经得到了证实.
结合蛋白质互作与基因表达谱信息大范围预测蛋白质的精细功能
高磊,李霞,郭政,朱明珠,李彦辉,饶绍奇
中国科学 生命科学 , 2006,
Abstract: GESTs(geneexpressionsimilarityandtaxonomysimilarity)是结合基因表达相似性和基因功能分类体系GeneOntology(GO)中的功能概念相似性测度进行功能预测的新方法.将此预测算法推广应用于蛋白质互相作用数据,并提出了几种在蛋白质互作网络中为功能待测蛋白质筛选邻居的方法.与已有的其它蛋白质功能预测方法不同,新方法在学习过程中自动地从功能分类体系中的各个功能类中选择最合适的尽可能具体细致的功能类,利用注释于其相近功能类中的互作邻居蛋白质支持对此具体功能类的预测.使用MIPS提供的酵母蛋白质互作信息与一套基因表达谱数据,利用特别针对GO体系结构层次特点设计的3种测度,评价对GO知识体系中的生物过程分支进行蛋白质功能预测的效果.结果显示,利用文中的方法,可以大范围预测蛋白质的精细功能.此外,还利用此方法对2004年底GeneOntology上未知功能的蛋白质进行预测,其中部分预测结果在2006年4月发布的SGD注释数据中已经得到了证实.
通过蛋白质互作网络预测已知部分功能的蛋白质的精细功能
李彦辉,,,马文财,杨达,王栋,张敏,朱晶,钟国才,李永进,姚晨,王靖
科学通报 , 2007,
Abstract: 基于高通量数据,研究人员已经设计了许多算法用于寻找功能完全未知蛋白质的功能.然而,这些算法的效率受到一些根本因素的制约,包括(ⅰ)功能完全未知的蛋白质参与一个精细功能的先验概率低;(ⅱ)高通量互作数据中有大量的假阳性互作;(ⅲ)蛋白质互作数据对功能类的覆盖不完全;(ⅳ)训练算法的大量阴性样本数据是异质的;(ⅴ)训练算法的蛋白质的精细功能知识不足.因此,本研究提出一种新的方法对已知部分功能的蛋白质进行功能预测,即利用功能特异的蛋白质互作子网或者基因表达模式信息来寻找蛋白质更为精细的功能.该方法能够通过恰当地定义预测范围和过滤假阳性数据减少上述提到的问题,因此可以高效地发现蛋白质的新功能.对于几千个已知部分功能的酵母与人类蛋白质,该方法能够以超过90%的精确率找到它们更为精细的功能.预测的精细功能对于指导随后的湿实验和提供必要的功能知识来学习其他蛋白质的功能都具有重要的意义.
水氮互作对济麦20籽粒蛋白质品质及氮素和水分利用效率的影响
王小燕,张永丽,于振文
麦类作物学报 , 2010, DOI: 10.7606/j.issn.1009-1041.2010.02.024
Abstract: 为给强筋小麦高产优质栽培的水氮合理运筹提供理论依据,以强筋小麦济麦20为试验材料,在大田条件下设置了3个施氮水平:0kg·hm-2(N0)、180kg·hm-2(N1)、240kg·hm-2(N2);每个施氮水平下设置4个灌水处理:不灌水(W0)、底水+拔节水+开花水(W1)、底水+冬水+拔节水+开花水(W2)、底水+冬水+拔节水+开花水+灌浆水(W3),每次灌水量60mm,研究了水氮互作对强筋小麦济麦20籽粒蛋白质品质及其相关酶活性、产量及氮素和水分利用效率的影响。结果表明,旗叶硝酸还原酶、谷氨酰胺合成酶、内肽酶、羧肽酶和氨肽酶活性均为N2处理最高,N0处理最低。各施氮水平下硝酸还原酶活性和谷氨酰胺合成酶活性均以W0处理最低,W3处理与W1和W2处理相比,灌浆后期硝酸还原酶活性和谷氨酰胺合成酶活性提高,但各蛋白质水解酶活性降低。不施氮条件下,W3处理促进了籽粒蛋白质积累;施氮条件下,W1、W2和W3处理的籽粒蛋白质含量无显著差异。每公顷施纯氮180kg条件下,W1处理的沉淀值高于其他灌水处理,湿面筋含量、面团稳定时间、籽粒产量、氮肥表观利用率和氮肥农学效率与W2处理无显著差异,高于W0和W3处理,水分利用效率高于W2和W3处理。综合考虑籽粒品质、产量、氮素和水分利用效率,施氮量为180kg·hm-2、全生育期灌底水+拔节水+开花水的N1W1处理为高产优质高效的最佳组合。
第1页/共26370条
每页显示


Home
Copyright © 2008-2017 Open Access Library. All rights reserved.